Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP49Q70CQ1 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
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