Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COPB1P53618 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COPB1P53618 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COPB1P53618 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COPB1P53618 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COPB1P53618 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COPB1P53618 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COPB1P53618 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COPB1P53618 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COPB1P53618 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
COPB1P53618 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COPB1P53618 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COPB1P53618 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COPB1P53618 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms