Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CHMP4AQ9BY43 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHMP4AQ9BY43 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms