Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL9A1P20849 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL9A1P20849 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.9 ms