Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
TRIM28Q13263 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRIM28Q13263 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
TRIM28Q13263 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.9 ms