Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM39Q9HCM9 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
TRIM39Q9HCM9 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRIM39Q9HCM9 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.3 ms