Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.2 ms