Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC1P18827 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC1P18827 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC1P18827 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC1P18827 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC1P18827 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC1P18827 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC1P18827 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SDC1P18827 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SDC1P18827 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC1P18827 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC1P18827 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC1P18827 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC1P18827 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC1P18827 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC1P18827 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC1P18827 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC1P18827 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDC1P18827 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDC1P18827 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SDC1P18827 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDC1P18827 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDC1P18827 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.7 ms