Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SKA3Q8IX90 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
SKA3Q8IX90 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SKA3Q8IX90 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SKA3Q8IX90 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SKA3Q8IX90 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SKA3Q8IX90 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.1 ms