Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
UBE3DQ7Z6J8 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
UBE3DQ7Z6J8 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms