Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TPM4P67936 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
TPM4P67936 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TPM4P67936 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TPM4P67936 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TPM4P67936 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TPM4P67936 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TPM4P67936 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TPM4P67936 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TPM4P67936 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TPM4P67936 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TPM4P67936 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TPM4P67936 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TPM4P67936 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TPM4P67936 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
TPM4P67936 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TPM4P67936 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TPM4P67936 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TPM4P67936 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TPM4P67936 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TPM4P67936 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
TPM4P67936 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TPM4P67936 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TPM4P67936 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TPM4P67936 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TPM4P67936 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TPM4P67936 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
TPM4P67936 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
TPM4P67936 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TPM4P67936 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TPM4P67936 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TPM4P67936 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TPM4P67936 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TPM4P67936 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TPM4P67936 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TPM4P67936 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TPM4P67936 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TPM4P67936 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TPM4P67936 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.8 ms