Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCIF1Q9H4Z3 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
PCIF1Q9H4Z3 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PCIF1Q9H4Z3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms