Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL4A3Q01955 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL4A3Q01955 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 210.9 ms