Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 DNAJA3-213ENST00000576911 1413 ntTSL 224.38■■□□□ 1.498e-12■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.555e-9■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 AGPAT3-213ENST00000479117 1510 ntTSL 521.41■■□□□ 1.023e-26■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.243e-26■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.582e-10■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.591e-16■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.331e-16■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.76■□□□□ 0.751e-16■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 CEMIP-205ENST00000559966 488 ntTSL 221.17■□□□□ 0.988e-7■■■■■ 39.5
UPF1Q92900 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.493e-11■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 TOP3A-217ENST00000584582 3661 ntTSL 511.67□□□□□ -0.545e-9■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 TOP3A-201ENST00000321105 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.595e-9■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 TOP3A-203ENST00000469739 3196 ntTSL 29.98□□□□□ -0.815e-9■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 TLE3-209ENST00000557919 4294 ntTSL 514.96□□□□□ -0.021e-10■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 JPT2-213ENST00000569256 911 ntTSL 1 (best)25.02■■□□□ 1.63e-9■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 BST2-203ENST00000533098 459 ntTSL 213.47□□□□□ -0.251e-30■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 ETNK2-204ENST00000422072 671 ntTSL 319.79■□□□□ 0.769e-11■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.019e-11■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 CTNS-201ENST00000046640 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.239e-11■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 INIP-203ENST00000374242 4233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.354e-8■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 ETNK2-201ENST00000367197 843 ntTSL 3 BASIC12.58□□□□□ -0.49e-11■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 LARS2-202ENST00000414984 2800 ntTSL 5 BASIC11.98□□□□□ -0.499e-11■■■■■ 39.4
UPF1Q92900 WASF2-202ENST00000618852 5676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.422e-32■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 CTSD-208ENST00000636843 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.594e-13■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 ARF3-204ENST00000485410 563 ntTSL 327.49■■□□□ 1.992e-23■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 SLC35E1-210ENST00000600356 869 ntTSL 1 (best)25.22■■□□□ 1.637e-7■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 PQLC1-201ENST00000351365 2414 ntTSL 218.3■□□□□ 0.523e-11■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 PQLC1-204ENST00000466449 2887 ntTSL 216.68■□□□□ 0.263e-11■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 SNPH-202ENST00000381873 4995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 SNPH-201ENST00000381867 5533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 AMFR-208ENST00000566757 1844 nt19.9■□□□□ 0.783e-13■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 AMFR-210ENST00000568325 1230 ntTSL 217.94■□□□□ 0.463e-13■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 LDLR-207ENST00000558013 3144 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.364e-11■■■■■ 39.3
UPF1Q92900 TPM3-219ENST00000509409 1248 ntTSL 222.56■■□□□ 1.21e-31■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 PTTG1IP-205ENST00000474737 580 ntTSL 323.54■■□□□ 1.368e-18■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.638e-18■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 PTTG1IP-207ENST00000494690 612 ntTSL 516.85■□□□□ 0.298e-18■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 STAT3-203ENST00000404395 2633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.018e-18■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 STAT3-204ENST00000462269 698 ntTSL 214.86□□□□□ -0.038e-18■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 STAT3-208ENST00000491272 725 ntTSL 212.29□□□□□ -0.448e-18■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 AAMP-203ENST00000422731 742 ntTSL 319.2■□□□□ 0.666e-9■■■■■ 39.2
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UPF1Q92900 CYB561A3-206ENST00000536452 1827 ntTSL 217.64■□□□□ 0.411e-7■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 CYB561A3-215ENST00000540317 1557 ntTSL 316.21■□□□□ 0.181e-7■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 CYB561A3-201ENST00000294072 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.421e-7■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 CYB561A3-202ENST00000426130 3205 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.611e-7■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 MAU2-209ENST00000587938 3695 ntTSL 511.33□□□□□ -0.62e-11■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 MAU2-208ENST00000587709 3751 ntTSL 211.04□□□□□ -0.642e-11■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 MAU2-203ENST00000499453 4071 ntTSL 210.89□□□□□ -0.672e-11■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 MAU2-202ENST00000262816 3838 ntTSL 210.38□□□□□ -0.752e-11■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.188e-8■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.578e-8■■■■■ 39.2
UPF1Q92900 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.352e-9■■■■■ 39.1
UPF1Q92900 AC135048.1-202ENST00000562642 626 ntTSL 311.11□□□□□ -0.638e-8■■■■■ 39.1
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UPF1Q92900 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.561e-35■■■■■ 39
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UPF1Q92900 PFDN1-201ENST00000261813 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.167e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 PFDN1-207ENST00000524074 395 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.048e-8■■■■■ 39
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UPF1Q92900 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.595e-7■■■■■ 39
UPF1Q92900 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.674e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 SGSH-209ENST00000572257 581 ntTSL 416.31■□□□□ 0.24e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 SGSH-210ENST00000573150 2612 ntTSL 214.84□□□□□ -0.034e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 SGSH-213ENST00000575282 5562 ntTSL 1 (best)13.64□□□□□ -0.234e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 WBP2-208ENST00000588373 1374 ntTSL 224.65■■□□□ 1.544e-15■■■■■ 39
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UPF1Q92900 AHCY-205ENST00000538132 2366 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.025e-9■■■■■ 39
UPF1Q92900 AL035458.2-201ENST00000512005 478 ntTSL 3 BASIC10.92□□□□□ -0.665e-9■■■■■ 39
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UPF1Q92900 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.813e-11■■■■■ 39
UPF1Q92900 NKIRAS2-211ENST00000491638 1041 ntTSL 221.62■■□□□ 1.053e-11■■■■■ 39
UPF1Q92900 STAT6-215ENST00000555222 2185 ntTSL 218.9■□□□□ 0.622e-10■■■■■ 39
UPF1Q92900 VAPB-206ENST00000520497 937 ntTSL 211.34□□□□□ -0.591e-26■■■■■ 39
UPF1Q92900 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.545e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 FAM213B-209ENST00000476686 2506 ntTSL 1 (best)17.04■□□□□ 0.322e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 APOBEC3F-201ENST00000308521 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.554e-8■■■■■ 39
UPF1Q92900 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.384e-7■■■■■ 39
UPF1Q92900 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.636e-9■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 NDRG1-222ENST00000522476 1385 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.471e-7■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 FOXRED2-202ENST00000366463 2489 ntTSL 212.52□□□□□ -0.411e-7■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 GLUL-207ENST00000463851 939 ntTSL 313.47□□□□□ -0.251e-11■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 MFSD12-208ENST00000588918 2040 ntTSL 531.42■■■□□ 2.621e-8■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.621e-8■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.221e-8■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 CNN2-209ENST00000568865 1332 ntTSL 526.1■■□□□ 1.775e-29■■■■■ 38.9
UPF1Q92900 MBD3-205ENST00000589064 1475 ntTSL 229.45■■■□□ 2.319e-11■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 EIF2S1-201ENST00000256383 4485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.717e-8■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 QSOX1-204ENST00000443059 893 ntTSL 221.35■■□□□ 1.018e-9■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.736e-8■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.376e-8■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 SLC7A5-202ENST00000563489 780 ntTSL 221.86■■□□□ 1.092e-37■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.321e-8■■■■■ 38.8
UPF1Q92900 TMEM57-201ENST00000374343 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.181e-8■■■■■ 38.8
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