Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SKA1Q96BD8 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SKA1Q96BD8 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.6 ms