Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LHX3Q9UBR4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LHX3Q9UBR4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
LHX3Q9UBR4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LHX3Q9UBR4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms