Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
DDX28Q9NUL7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
DDX28Q9NUL7 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 251.8 ms