Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
DDX28Q9NUL7 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
DDX28Q9NUL7 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms