Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TREX1Q9NSU2 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TREX1Q9NSU2 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TREX1Q9NSU2 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TREX1Q9NSU2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.9 ms