RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000572043.5

CTDNEP1-207, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

TSL 3 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 857 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1-207ENST00000572043 NISCHQ9Y2I1 1504 aa43.58■■■■■ 4.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa38.75■■■■□ 3.79
CTDNEP1-207ENST00000572043 ABCC9O60706 1549 aa38.49■■■■□ 3.75
CTDNEP1-207ENST00000572043 DCAF8L2P0C7V8 631 aa36.8■■■■□ 3.48
CTDNEP1-207ENST00000572043 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa36.73■■■■□ 3.47
CTDNEP1-207ENST00000572043 NACADO15069 1562 aa36.59■■■■□ 3.45
CTDNEP1-207ENST00000572043 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP36.23■■■■□ 3.39
CTDNEP1-207ENST00000572043 MYO15BQ96JP2 1530 aa36.19■■■■□ 3.38
CTDNEP1-207ENST00000572043 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP36■■■■□ 3.35
CTDNEP1-207ENST00000572043 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa35.94■■■■□ 3.34
CTDNEP1-207ENST00000572043 UNC13AQ9UPW8 1703 aa35.8■■■■□ 3.32
CTDNEP1-207ENST00000572043 DNAJC5BQ9UF47 199 aa35.66■■■■□ 3.3
CTDNEP1-207ENST00000572043 BICRAQ9NZM4 1560 aa35.64■■■■□ 3.3
CTDNEP1-207ENST00000572043 SCRIBQ14160 1630 aa35.54■■■■□ 3.28
CTDNEP1-207ENST00000572043 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa35.13■■■■□ 3.21
CTDNEP1-207ENST00000572043 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP34.75■■■■□ 3.15
CTDNEP1-207ENST00000572043 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa34.7■■■■□ 3.14
CTDNEP1-207ENST00000572043 CECR2Q9BXF3 1484 aa34.58■■■■□ 3.13
CTDNEP1-207ENST00000572043 SMARCA4P51532 1647 aa33.86■■■■□ 3.01
CTDNEP1-207ENST00000572043 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa33.82■■■■□ 3
CTDNEP1-207ENST00000572043 NCAPD3P42695 1498 aa33.8■■■■□ 3
CTDNEP1-207ENST00000572043 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP33.78■■■■□ 3
CTDNEP1-207ENST00000572043 SMARCA2P51531 1590 aa33.69■■■□□ 2.98
CTDNEP1-207ENST00000572043 MROH2BQ7Z745 1585 aa33.64■■■□□ 2.98
CTDNEP1-207ENST00000572043 HMGXB3Q12766 1538 aa33.56■■■□□ 2.96
CTDNEP1-207ENST00000572043 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP33.53■■■□□ 2.96
CTDNEP1-207ENST00000572043 PEG3Q9GZU2 1588 aa33.47■■■□□ 2.95
CTDNEP1-207ENST00000572043 WIZO95785 1651 aa33.23■■■□□ 2.91
CTDNEP1-207ENST00000572043 NESP48681 1621 aa33.2■■■□□ 2.9
CTDNEP1-207ENST00000572043 ERCC6Q03468 1493 aa33.19■■■□□ 2.9
CTDNEP1-207ENST00000572043 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP33.13■■■□□ 2.89
CTDNEP1-207ENST00000572043 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa32.92■■■□□ 2.86
CTDNEP1-207ENST00000572043 CADPSQ9ULU8 1353 aa32.85■■■□□ 2.85
CTDNEP1-207ENST00000572043 CUX2O14529 1486 aa32.84■■■□□ 2.85
CTDNEP1-207ENST00000572043 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP32.83■■■□□ 2.85
CTDNEP1-207ENST00000572043 PDS5BQ9NTI5 1447 aa32.79■■■□□ 2.84
CTDNEP1-207ENST00000572043 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa32.67■■■□□ 2.82
CTDNEP1-207ENST00000572043 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP32.65■■■□□ 2.82
CTDNEP1-207ENST00000572043 CFTRP13569 1480 aa32.55■■■□□ 2.8
CTDNEP1-207ENST00000572043 CCDC88BA6NC98 1476 aa32.5■■■□□ 2.79
CTDNEP1-207ENST00000572043 FANCD2Q9BXW9 1451 aa32.48■■■□□ 2.79
CTDNEP1-207ENST00000572043 MRC2Q9UBG0 1479 aa32.48■■■□□ 2.79
CTDNEP1-207ENST00000572043 CEP164Q9UPV0 1460 aa32.47■■■□□ 2.79
CTDNEP1-207ENST00000572043 WDR62O43379 1518 aa32.34■■■□□ 2.77
CTDNEP1-207ENST00000572043 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa32.3■■■□□ 2.76
CTDNEP1-207ENST00000572043 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP32.22■■■□□ 2.75
CTDNEP1-207ENST00000572043 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP32.18■■■□□ 2.74
CTDNEP1-207ENST00000572043 PRDM2Q13029 1718 aa32.09■■■□□ 2.73
CTDNEP1-207ENST00000572043 TOPBP1Q92547 1522 aa31.91■■■□□ 2.7
CTDNEP1-207ENST00000572043 ABCC8Q09428 1581 aa31.81■■■□□ 2.68
CTDNEP1-207ENST00000572043 DNMBPQ6XZF7 1577 aa31.81■■■□□ 2.68
CTDNEP1-207ENST00000572043 IFT140Q96RY7 1462 aa31.78■■■□□ 2.68
CTDNEP1-207ENST00000572043 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP31.74■■■□□ 2.67
CTDNEP1-207ENST00000572043 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP31.63■■■□□ 2.65
CTDNEP1-207ENST00000572043 CUX1P39880 1505 aa31.56■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa31.56■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 OSCARQ8IYS5 282 aa31.53■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP31.53■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP31.52■■■□□ 2.642e-6■■■■■ 28.6
CTDNEP1-207ENST00000572043 FGD5Q6ZNL6 1462 aa31.52■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 SOGA1O94964 1423 aa31.52■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP31.51■■■□□ 2.64
CTDNEP1-207ENST00000572043 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP31.44■■■□□ 2.62
CTDNEP1-207ENST00000572043 FBLN2P98095 1184 aa31.3■■■□□ 2.6
CTDNEP1-207ENST00000572043 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP31.26■■■□□ 2.6
CTDNEP1-207ENST00000572043 TRIM41Q8WV44 630 aa31.25■■■□□ 2.59
CTDNEP1-207ENST00000572043 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa31.21■■■□□ 2.59
CTDNEP1-207ENST00000572043 SYNJ1O43426 1573 aa31.17■■■□□ 2.58
CTDNEP1-207ENST00000572043 WDR97A6NE52 1622 aa31.17■■■□□ 2.58
CTDNEP1-207ENST00000572043 GRIN2BQ13224 1484 aa31.16■■■□□ 2.58
CTDNEP1-207ENST00000572043 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa31.14■■■□□ 2.58
CTDNEP1-207ENST00000572043 TOP2BQ02880 1626 aa31.13■■■□□ 2.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 CHD1O14646 1710 aa31.13■■■□□ 2.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 GAPVD1Q14C86 1478 aa31.13■■■□□ 2.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP31.08■■■□□ 2.57
CTDNEP1-207ENST00000572043 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa31.02■■■□□ 2.56
CTDNEP1-207ENST00000572043 PBRM1Q86U86 1689 aa30.99■■■□□ 2.55
CTDNEP1-207ENST00000572043 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1-207ENST00000572043 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1-207ENST00000572043 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1-207ENST00000572043 SYNJ2O15056 1496 aa30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1-207ENST00000572043 ARHGEF11O15085 1522 aa30.97■■■□□ 2.55
CTDNEP1-207ENST00000572043 CYB5RLQ6IPT4 315 aa30.82■■■□□ 2.52
CTDNEP1-207ENST00000572043 CLASP1Q7Z460 1538 aa30.82■■■□□ 2.52
CTDNEP1-207ENST00000572043 ADAMTS12P58397 1594 aa30.78■■■□□ 2.52
CTDNEP1-207ENST00000572043 GRIN2AQ12879 1464 aa30.76■■■□□ 2.51
CTDNEP1-207ENST00000572043 FHAD1B1AJZ9 1412 aa30.75■■■□□ 2.51
CTDNEP1-207ENST00000572043 ERICH3Q5RHP9 1530 aa30.74■■■□□ 2.51
CTDNEP1-207ENST00000572043 ARAP1Q96P48 1450 aa30.72■■■□□ 2.51
CTDNEP1-207ENST00000572043 NUP160Q12769 1436 aa30.62■■■□□ 2.49
CTDNEP1-207ENST00000572043 KIF27Q86VH2 1401 aa30.62■■■□□ 2.49
CTDNEP1-207ENST00000572043 CEP170Q5SW79 1584 aa30.62■■■□□ 2.49
CTDNEP1-207ENST00000572043 IGF1RP08069 1367 aa30.54■■■□□ 2.48
CTDNEP1-207ENST00000572043 ERCC6L2Q5T890 1561 aa30.45■■■□□ 2.47
CTDNEP1-207ENST00000572043 JPH4Q96JJ6 628 aa30.38■■■□□ 2.45
CTDNEP1-207ENST00000572043 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa30.38■■■□□ 2.45
CTDNEP1-207ENST00000572043 CUL7Q14999 1698 aa30.37■■■□□ 2.45
CTDNEP1-207ENST00000572043 SHROOM2Q13796 1616 aa30.35■■■□□ 2.45
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