RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000482519.1

VAMP4-204, Transcript of vesicle associated membrane protein 4, humanhuman

TSL 3

Gene VAMP4, Length 586 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4-204ENST00000482519 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.42■■■■■ 4.06
VAMP4-204ENST00000482519 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa36■■■■□ 3.35
VAMP4-204ENST00000482519 ABCC9O60706 1549 aa35.57■■■■□ 3.28
VAMP4-204ENST00000482519 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.09■■■■□ 3.05
VAMP4-204ENST00000482519 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa34.03■■■■□ 3.04
VAMP4-204ENST00000482519 NACADO15069 1562 aa33.91■■■■□ 3.02
VAMP4-204ENST00000482519 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP33.59■■■□□ 2.97
VAMP4-204ENST00000482519 MYO15BQ96JP2 1530 aa33.55■■■□□ 2.96
VAMP4-204ENST00000482519 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa33.35■■■□□ 2.93
VAMP4-204ENST00000482519 UNC13AQ9UPW8 1703 aa33.28■■■□□ 2.92
VAMP4-204ENST00000482519 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP33.25■■■□□ 2.91
VAMP4-204ENST00000482519 BICRAQ9NZM4 1560 aa33■■■□□ 2.87
VAMP4-204ENST00000482519 SCRIBQ14160 1630 aa32.94■■■□□ 2.86
VAMP4-204ENST00000482519 DNAJC5BQ9UF47 199 aa32.84■■■□□ 2.85
VAMP4-204ENST00000482519 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.54■■■□□ 2.8
VAMP4-204ENST00000482519 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP32.16■■■□□ 2.74
VAMP4-204ENST00000482519 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa32.11■■■□□ 2.73
VAMP4-204ENST00000482519 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.95■■■□□ 2.7
VAMP4-204ENST00000482519 SMARCA4P51532 1647 aa31.42■■■□□ 2.62
VAMP4-204ENST00000482519 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.34■■■□□ 2.61
VAMP4-204ENST00000482519 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa31.3■■■□□ 2.6
VAMP4-204ENST00000482519 NCAPD3P42695 1498 aa31.29■■■□□ 2.6
VAMP4-204ENST00000482519 SMARCA2P51531 1590 aa31.25■■■□□ 2.59
VAMP4-204ENST00000482519 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.17■■■□□ 2.58
VAMP4-204ENST00000482519 HMGXB3Q12766 1538 aa31.1■■■□□ 2.57
VAMP4-204ENST00000482519 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP31.08■■■□□ 2.57
VAMP4-204ENST00000482519 PEG3Q9GZU2 1588 aa31.05■■■□□ 2.56
VAMP4-204ENST00000482519 WIZO95785 1651 aa30.86■■■□□ 2.53
VAMP4-204ENST00000482519 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP30.73■■■□□ 2.51
VAMP4-204ENST00000482519 NESP48681 1621 aa30.7■■■□□ 2.51
VAMP4-204ENST00000482519 ERCC6Q03468 1493 aa30.69■■■□□ 2.5
VAMP4-204ENST00000482519 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.51■■■□□ 2.47
VAMP4-204ENST00000482519 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.46■■■□□ 2.47
VAMP4-204ENST00000482519 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.41■■■□□ 2.46
VAMP4-204ENST00000482519 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.35■■■□□ 2.45
VAMP4-204ENST00000482519 CUX2O14529 1486 aa30.34■■■□□ 2.45
VAMP4-204ENST00000482519 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa30.31■■■□□ 2.44
VAMP4-204ENST00000482519 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.2■■■□□ 2.43
VAMP4-204ENST00000482519 CFTRP13569 1480 aa30.15■■■□□ 2.42
VAMP4-204ENST00000482519 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.14■■■□□ 2.42
VAMP4-204ENST00000482519 FANCD2Q9BXW9 1451 aa30.07■■■□□ 2.4
VAMP4-204ENST00000482519 MRC2Q9UBG0 1479 aa30.06■■■□□ 2.4
VAMP4-204ENST00000482519 CEP164Q9UPV0 1460 aa30.06■■■□□ 2.4
VAMP4-204ENST00000482519 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.94■■■□□ 2.38
VAMP4-204ENST00000482519 WDR62O43379 1518 aa29.93■■■□□ 2.38
VAMP4-204ENST00000482519 PRDM2Q13029 1718 aa29.91■■■□□ 2.38
VAMP4-204ENST00000482519 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.78■■■□□ 2.36
VAMP4-204ENST00000482519 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa29.74■■■□□ 2.35
VAMP4-204ENST00000482519 TOPBP1Q92547 1522 aa29.55■■■□□ 2.32
VAMP4-204ENST00000482519 ABCC8Q09428 1581 aa29.52■■■□□ 2.32
VAMP4-204ENST00000482519 DNMBPQ6XZF7 1577 aa29.49■■■□□ 2.31
VAMP4-204ENST00000482519 IFT140Q96RY7 1462 aa29.42■■■□□ 2.3
VAMP4-204ENST00000482519 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP29.35■■■□□ 2.29
VAMP4-204ENST00000482519 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.29■■■□□ 2.28
VAMP4-204ENST00000482519 CUX1P39880 1505 aa29.25■■■□□ 2.27
VAMP4-204ENST00000482519 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP29.23■■■□□ 2.27
VAMP4-204ENST00000482519 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa29.22■■■□□ 2.27
VAMP4-204ENST00000482519 FGD5Q6ZNL6 1462 aa29.21■■■□□ 2.27
VAMP4-204ENST00000482519 SOGA1O94964 1423 aa29.2■■■□□ 2.27
VAMP4-204ENST00000482519 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP29.19■■■□□ 2.26
VAMP4-204ENST00000482519 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP29.17■■■□□ 2.26
VAMP4-204ENST00000482519 OSCARQ8IYS5 282 aa29.14■■■□□ 2.26
VAMP4-204ENST00000482519 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP29.1■■■□□ 2.25
VAMP4-204ENST00000482519 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29■■■□□ 2.23
VAMP4-204ENST00000482519 FBLN2P98095 1184 aa28.97■■■□□ 2.23
VAMP4-204ENST00000482519 SYNJ1O43426 1573 aa28.94■■■□□ 2.22
VAMP4-204ENST00000482519 WDR97A6NE52 1622 aa28.93■■■□□ 2.22
VAMP4-204ENST00000482519 TOP2BQ02880 1626 aa28.93■■■□□ 2.22
VAMP4-204ENST00000482519 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa28.91■■■□□ 2.22
VAMP4-204ENST00000482519 CHD1O14646 1710 aa28.9■■■□□ 2.22
VAMP4-204ENST00000482519 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa28.87■■■□□ 2.21
VAMP4-204ENST00000482519 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.86■■■□□ 2.21
VAMP4-204ENST00000482519 GRIN2BQ13224 1484 aa28.85■■■□□ 2.21
VAMP4-204ENST00000482519 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.85■■■□□ 2.21
VAMP4-204ENST00000482519 PBRM1Q86U86 1689 aa28.8■■■□□ 2.2
VAMP4-204ENST00000482519 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP28.79■■■□□ 2.2
VAMP4-204ENST00000482519 TRIM41Q8WV44 630 aa28.79■■■□□ 2.2
VAMP4-204ENST00000482519 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP28.78■■■□□ 2.2
VAMP4-204ENST00000482519 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.77■■■□□ 2.2
VAMP4-204ENST00000482519 SYNJ2O15056 1496 aa28.69■■■□□ 2.18
VAMP4-204ENST00000482519 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa28.65■■■□□ 2.18
VAMP4-204ENST00000482519 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa28.65■■■□□ 2.18
VAMP4-204ENST00000482519 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa28.65■■■□□ 2.18
VAMP4-204ENST00000482519 ARHGEF11O15085 1522 aa28.61■■■□□ 2.17
VAMP4-204ENST00000482519 ADAMTS12P58397 1594 aa28.53■■■□□ 2.16
VAMP4-204ENST00000482519 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.51■■■□□ 2.15
VAMP4-204ENST00000482519 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.51■■■□□ 2.15
VAMP4-204ENST00000482519 GRIN2AQ12879 1464 aa28.48■■■□□ 2.15
VAMP4-204ENST00000482519 FHAD1B1AJZ9 1412 aa28.48■■■□□ 2.15
VAMP4-204ENST00000482519 CYB5RLQ6IPT4 315 aa28.46■■■□□ 2.15
VAMP4-204ENST00000482519 KIF27Q86VH2 1401 aa28.42■■■□□ 2.14
VAMP4-204ENST00000482519 ARAP1Q96P48 1450 aa28.36■■■□□ 2.13
VAMP4-204ENST00000482519 CEP170Q5SW79 1584 aa28.36■■■□□ 2.13
VAMP4-204ENST00000482519 NUP160Q12769 1436 aa28.34■■■□□ 2.13
VAMP4-204ENST00000482519 IGF1RP08069 1367 aa28.32■■■□□ 2.12
VAMP4-204ENST00000482519 CUL7Q14999 1698 aa28.23■■■□□ 2.11
VAMP4-204ENST00000482519 ERCC6L2Q5T890 1561 aa28.17■■■□□ 2.1
VAMP4-204ENST00000482519 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa28.16■■■□□ 2.1
VAMP4-204ENST00000482519 SHROOM2Q13796 1616 aa28.14■■■□□ 2.09
VAMP4-204ENST00000482519 JPH4Q96JJ6 628 aa28.12■■■□□ 2.09
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