RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481800.1

COL9A3-212, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

TSL 4

Gene COL9A3, Length 548 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-212ENST00000481800 NISCHQ9Y2I1 1504 aa43.23■■■■■ 4.51
COL9A3-212ENST00000481800 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa38.5■■■■□ 3.75
COL9A3-212ENST00000481800 ABCC9O60706 1549 aa38.2■■■■□ 3.71
COL9A3-212ENST00000481800 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa36.53■■■■□ 3.44
COL9A3-212ENST00000481800 DCAF8L2P0C7V8 631 aa36.49■■■■□ 3.43
COL9A3-212ENST00000481800 NACADO15069 1562 aa36.39■■■■□ 3.42
COL9A3-212ENST00000481800 MYO15BQ96JP2 1530 aa36.02■■■■□ 3.36
COL9A3-212ENST00000481800 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP35.91■■■■□ 3.34
COL9A3-212ENST00000481800 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa35.72■■■■□ 3.31
COL9A3-212ENST00000481800 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP35.7■■■■□ 3.311e-11■■■□□ 15.9
COL9A3-212ENST00000481800 UNC13AQ9UPW8 1703 aa35.5■■■■□ 3.27
COL9A3-212ENST00000481800 DNAJC5BQ9UF47 199 aa35.42■■■■□ 3.26
COL9A3-212ENST00000481800 BICRAQ9NZM4 1560 aa35.36■■■■□ 3.25
COL9A3-212ENST00000481800 SCRIBQ14160 1630 aa35.18■■■■□ 3.22
COL9A3-212ENST00000481800 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa35.01■■■■□ 3.19
COL9A3-212ENST00000481800 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP34.51■■■■□ 3.12
COL9A3-212ENST00000481800 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa34.46■■■■□ 3.11
COL9A3-212ENST00000481800 CECR2Q9BXF3 1484 aa34.37■■■■□ 3.09
COL9A3-212ENST00000481800 NCAPD3P42695 1498 aa33.61■■■□□ 2.97
COL9A3-212ENST00000481800 SMARCA4P51532 1647 aa33.59■■■□□ 2.97
COL9A3-212ENST00000481800 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa33.56■■■□□ 2.96
COL9A3-212ENST00000481800 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP33.54■■■□□ 2.96
COL9A3-212ENST00000481800 SMARCA2P51531 1590 aa33.5■■■□□ 2.95
COL9A3-212ENST00000481800 HMGXB3Q12766 1538 aa33.35■■■□□ 2.93
COL9A3-212ENST00000481800 MROH2BQ7Z745 1585 aa33.3■■■□□ 2.92
COL9A3-212ENST00000481800 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP33.29■■■□□ 2.92
COL9A3-212ENST00000481800 PEG3Q9GZU2 1588 aa33.24■■■□□ 2.91
COL9A3-212ENST00000481800 ERCC6Q03468 1493 aa33■■■□□ 2.87
COL9A3-212ENST00000481800 NESP48681 1621 aa32.91■■■□□ 2.86
COL9A3-212ENST00000481800 WIZO95785 1651 aa32.88■■■□□ 2.85
COL9A3-212ENST00000481800 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP32.83■■■□□ 2.85
COL9A3-212ENST00000481800 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa32.74■■■□□ 2.83
COL9A3-212ENST00000481800 CUX2O14529 1486 aa32.73■■■□□ 2.83
COL9A3-212ENST00000481800 CADPSQ9ULU8 1353 aa32.65■■■□□ 2.82
COL9A3-212ENST00000481800 PDS5BQ9NTI5 1447 aa32.63■■■□□ 2.81
COL9A3-212ENST00000481800 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP32.56■■■□□ 2.8
COL9A3-212ENST00000481800 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP32.41■■■□□ 2.78
COL9A3-212ENST00000481800 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa32.4■■■□□ 2.78
COL9A3-212ENST00000481800 CFTRP13569 1480 aa32.33■■■□□ 2.77
COL9A3-212ENST00000481800 MRC2Q9UBG0 1479 aa32.28■■■□□ 2.76
COL9A3-212ENST00000481800 FANCD2Q9BXW9 1451 aa32.25■■■□□ 2.75
COL9A3-212ENST00000481800 CEP164Q9UPV0 1460 aa32.25■■■□□ 2.75
COL9A3-212ENST00000481800 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa32.24■■■□□ 2.75
COL9A3-212ENST00000481800 CCDC88BA6NC98 1476 aa32.21■■■□□ 2.75
COL9A3-212ENST00000481800 WDR62O43379 1518 aa32.13■■■□□ 2.73
COL9A3-212ENST00000481800 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP31.91■■■□□ 2.7
COL9A3-212ENST00000481800 PRDM2Q13029 1718 aa31.86■■■□□ 2.69
COL9A3-212ENST00000481800 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP31.84■■■□□ 2.69
COL9A3-212ENST00000481800 ABCC8Q09428 1581 aa31.68■■■□□ 2.66
COL9A3-212ENST00000481800 TOPBP1Q92547 1522 aa31.67■■■□□ 2.66
COL9A3-212ENST00000481800 IFT140Q96RY7 1462 aa31.59■■■□□ 2.65
COL9A3-212ENST00000481800 DNMBPQ6XZF7 1577 aa31.57■■■□□ 2.64
COL9A3-212ENST00000481800 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP31.46■■■□□ 2.63
COL9A3-212ENST00000481800 OSCARQ8IYS5 282 aa31.41■■■□□ 2.62
COL9A3-212ENST00000481800 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP31.38■■■□□ 2.61
COL9A3-212ENST00000481800 SOGA1O94964 1423 aa31.31■■■□□ 2.6
COL9A3-212ENST00000481800 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP31.28■■■□□ 2.6
COL9A3-212ENST00000481800 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP31.27■■■□□ 2.6
COL9A3-212ENST00000481800 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa31.27■■■□□ 2.6
COL9A3-212ENST00000481800 CUX1P39880 1505 aa31.26■■■□□ 2.59
COL9A3-212ENST00000481800 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP31.26■■■□□ 2.59
COL9A3-212ENST00000481800 FGD5Q6ZNL6 1462 aa31.25■■■□□ 2.59
COL9A3-212ENST00000481800 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP31.18■■■□□ 2.58
COL9A3-212ENST00000481800 FBLN2P98095 1184 aa31.09■■■□□ 2.57
COL9A3-212ENST00000481800 TRIM41Q8WV44 630 aa31.08■■■□□ 2.57
COL9A3-212ENST00000481800 WDR97A6NE52 1622 aa31.03■■■□□ 2.56
COL9A3-212ENST00000481800 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP30.98■■■□□ 2.55
COL9A3-212ENST00000481800 GRIN2BQ13224 1484 aa30.96■■■□□ 2.55
COL9A3-212ENST00000481800 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa30.95■■■□□ 2.55
COL9A3-212ENST00000481800 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP30.92■■■□□ 2.54
COL9A3-212ENST00000481800 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa30.92■■■□□ 2.54
COL9A3-212ENST00000481800 GAPVD1Q14C86 1478 aa30.9■■■□□ 2.54
COL9A3-212ENST00000481800 CHD1O14646 1710 aa30.89■■■□□ 2.54
COL9A3-212ENST00000481800 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP30.89■■■□□ 2.53
COL9A3-212ENST00000481800 TOP2BQ02880 1626 aa30.87■■■□□ 2.53
COL9A3-212ENST00000481800 SYNJ1O43426 1573 aa30.84■■■□□ 2.53
COL9A3-212ENST00000481800 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa30.84■■■□□ 2.53
COL9A3-212ENST00000481800 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa30.79■■■□□ 2.52
COL9A3-212ENST00000481800 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa30.79■■■□□ 2.52
COL9A3-212ENST00000481800 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa30.79■■■□□ 2.52
COL9A3-212ENST00000481800 ARHGEF11O15085 1522 aa30.78■■■□□ 2.52
COL9A3-212ENST00000481800 SYNJ2O15056 1496 aa30.78■■■□□ 2.52
COL9A3-212ENST00000481800 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa30.76■■■□□ 2.52
COL9A3-212ENST00000481800 PBRM1Q86U86 1689 aa30.72■■■□□ 2.51
COL9A3-212ENST00000481800 CYB5RLQ6IPT4 315 aa30.65■■■□□ 2.5
COL9A3-212ENST00000481800 CLASP1Q7Z460 1538 aa30.6■■■□□ 2.49
COL9A3-212ENST00000481800 FHAD1B1AJZ9 1412 aa30.55■■■□□ 2.48
COL9A3-212ENST00000481800 ERICH3Q5RHP9 1530 aa30.53■■■□□ 2.48
COL9A3-212ENST00000481800 GRIN2AQ12879 1464 aa30.53■■■□□ 2.48
COL9A3-212ENST00000481800 ADAMTS12P58397 1594 aa30.52■■■□□ 2.48
COL9A3-212ENST00000481800 ARAP1Q96P48 1450 aa30.5■■■□□ 2.47
COL9A3-212ENST00000481800 NUP160Q12769 1436 aa30.4■■■□□ 2.46
COL9A3-212ENST00000481800 KIF27Q86VH2 1401 aa30.39■■■□□ 2.46
COL9A3-212ENST00000481800 CEP170Q5SW79 1584 aa30.35■■■□□ 2.45
COL9A3-212ENST00000481800 IGF1RP08069 1367 aa30.31■■■□□ 2.44
COL9A3-212ENST00000481800 TRHP20396 242 aaPredicted RBP30.2■■■□□ 2.43
COL9A3-212ENST00000481800 JPH4Q96JJ6 628 aa30.19■■■□□ 2.42
COL9A3-212ENST00000481800 ERCC6L2Q5T890 1561 aa30.15■■■□□ 2.42
COL9A3-212ENST00000481800 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa30.15■■■□□ 2.42
COL9A3-212ENST00000481800 CUL7Q14999 1698 aa30.14■■■□□ 2.42
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