RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000426280.3

GPC1-204, Transcript of glypican 1, humanhuman

TSL 3

Gene GPC1, Length 636 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GPC1-204ENST00000426280 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.44■■■□□ 2.62
GPC1-204ENST00000426280 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.91■■■□□ 2.06
GPC1-204ENST00000426280 ABCC9O60706 1549 aa27.74■■■□□ 2.03
GPC1-204ENST00000426280 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.48■■□□□ 1.83
GPC1-204ENST00000426280 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.41■■□□□ 1.82
GPC1-204ENST00000426280 NACADO15069 1562 aa26.33■■□□□ 1.81
GPC1-204ENST00000426280 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.12■■□□□ 1.77
GPC1-204ENST00000426280 MYO15BQ96JP2 1530 aa26.07■■□□□ 1.76
GPC1-204ENST00000426280 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.97■■□□□ 1.75
GPC1-204ENST00000426280 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.9■■□□□ 1.74
GPC1-204ENST00000426280 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.9■■□□□ 1.74
GPC1-204ENST00000426280 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.86■■□□□ 1.73
GPC1-204ENST00000426280 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.78■■□□□ 1.72
GPC1-204ENST00000426280 SCRIBQ14160 1630 aa25.59■■□□□ 1.69
GPC1-204ENST00000426280 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.22■■□□□ 1.63
GPC1-204ENST00000426280 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.04■■□□□ 1.6
GPC1-204ENST00000426280 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa25.02■■□□□ 1.6
GPC1-204ENST00000426280 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.89■■□□□ 1.57
GPC1-204ENST00000426280 SMARCA4P51532 1647 aa24.42■■□□□ 1.5
GPC1-204ENST00000426280 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.39■■□□□ 1.5
GPC1-204ENST00000426280 NCAPD3P42695 1498 aa24.38■■□□□ 1.49
GPC1-204ENST00000426280 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.3■■□□□ 1.48
GPC1-204ENST00000426280 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.3■■□□□ 1.48
GPC1-204ENST00000426280 SMARCA2P51531 1590 aa24.22■■□□□ 1.47
GPC1-204ENST00000426280 HMGXB3Q12766 1538 aa24.15■■□□□ 1.46
GPC1-204ENST00000426280 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.14■■□□□ 1.45
GPC1-204ENST00000426280 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
GPC1-204ENST00000426280 WIZO95785 1651 aa24.01■■□□□ 1.43
GPC1-204ENST00000426280 NESP48681 1621 aa23.98■■□□□ 1.43
GPC1-204ENST00000426280 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.93■■□□□ 1.42
GPC1-204ENST00000426280 ERCC6Q03468 1493 aa23.79■■□□□ 1.4
GPC1-204ENST00000426280 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.69■■□□□ 1.38
GPC1-204ENST00000426280 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.67■■□□□ 1.38
GPC1-204ENST00000426280 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.64■■□□□ 1.38
GPC1-204ENST00000426280 CUX2O14529 1486 aa23.6■■□□□ 1.37
GPC1-204ENST00000426280 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa23.57■■□□□ 1.36
GPC1-204ENST00000426280 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.56■■□□□ 1.36
GPC1-204ENST00000426280 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.54■■□□□ 1.36
GPC1-204ENST00000426280 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.48■■□□□ 1.35
GPC1-204ENST00000426280 CFTRP13569 1480 aa23.47■■□□□ 1.35
GPC1-204ENST00000426280 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.38■■□□□ 1.33
GPC1-204ENST00000426280 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.36■■□□□ 1.33
GPC1-204ENST00000426280 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.33■■□□□ 1.33
GPC1-204ENST00000426280 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.29■■□□□ 1.32
GPC1-204ENST00000426280 WDR62O43379 1518 aa23.28■■□□□ 1.32
GPC1-204ENST00000426280 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.23■■□□□ 1.31
GPC1-204ENST00000426280 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
GPC1-204ENST00000426280 PRDM2Q13029 1718 aa23.13■■□□□ 1.29
GPC1-204ENST00000426280 TOPBP1Q92547 1522 aa23■■□□□ 1.27
GPC1-204ENST00000426280 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.91■■□□□ 1.26
GPC1-204ENST00000426280 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.89■■□□□ 1.26
GPC1-204ENST00000426280 ABCC8Q09428 1581 aa22.86■■□□□ 1.25
GPC1-204ENST00000426280 IFT140Q96RY7 1462 aa22.85■■□□□ 1.25
GPC1-204ENST00000426280 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.79■■□□□ 1.24
GPC1-204ENST00000426280 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.79■■□□□ 1.24
GPC1-204ENST00000426280 CUX1P39880 1505 aa22.78■■□□□ 1.24
GPC1-204ENST00000426280 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.77■■□□□ 1.24
GPC1-204ENST00000426280 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.75■■□□□ 1.23
GPC1-204ENST00000426280 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.72■■□□□ 1.23
GPC1-204ENST00000426280 SOGA1O94964 1423 aa22.71■■□□□ 1.23
GPC1-204ENST00000426280 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.68■■□□□ 1.22
GPC1-204ENST00000426280 OSCARQ8IYS5 282 aa22.68■■□□□ 1.22
GPC1-204ENST00000426280 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.67■■□□□ 1.22
GPC1-204ENST00000426280 SYNJ1O43426 1573 aa22.5■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.49■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 FBLN2P98095 1184 aa22.49■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 WDR97A6NE52 1622 aa22.48■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 TRIM41Q8WV44 630 aa22.46■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.46■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 CHD1O14646 1710 aa22.45■■□□□ 1.19
GPC1-204ENST00000426280 TOP2BQ02880 1626 aa22.44■■□□□ 1.18
GPC1-204ENST00000426280 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.44■■□□□ 1.18
GPC1-204ENST00000426280 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.43■■□□□ 1.18
GPC1-204ENST00000426280 GRIN2BQ13224 1484 aa22.41■■□□□ 1.18
GPC1-204ENST00000426280 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.41■■□□□ 1.18
GPC1-204ENST00000426280 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.37■■□□□ 1.17
GPC1-204ENST00000426280 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.34■■□□□ 1.17
GPC1-204ENST00000426280 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.34■■□□□ 1.17
GPC1-204ENST00000426280 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.33■■□□□ 1.17
GPC1-204ENST00000426280 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.33■■□□□ 1.17
GPC1-204ENST00000426280 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.33■■□□□ 1.17
GPC1-204ENST00000426280 PBRM1Q86U86 1689 aa22.33■■□□□ 1.16
GPC1-204ENST00000426280 ARHGEF11O15085 1522 aa22.3■■□□□ 1.16
GPC1-204ENST00000426280 SYNJ2O15056 1496 aa22.28■■□□□ 1.16
GPC1-204ENST00000426280 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.22■■□□□ 1.15
GPC1-204ENST00000426280 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.19■■□□□ 1.14
GPC1-204ENST00000426280 ADAMTS12P58397 1594 aa22.16■■□□□ 1.14
GPC1-204ENST00000426280 GRIN2AQ12879 1464 aa22.14■■□□□ 1.13
GPC1-204ENST00000426280 ARAP1Q96P48 1450 aa22.14■■□□□ 1.13
GPC1-204ENST00000426280 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.12■■□□□ 1.13
GPC1-204ENST00000426280 FHAD1B1AJZ9 1412 aa22.12■■□□□ 1.13
GPC1-204ENST00000426280 CEP170Q5SW79 1584 aa22.08■■□□□ 1.13
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GPC1-204ENST00000426280 NUP160Q12769 1436 aa22.06■■□□□ 1.12
GPC1-204ENST00000426280 ERCC6L2Q5T890 1561 aa22.03■■□□□ 1.12
GPC1-204ENST00000426280 KIF27Q86VH2 1401 aa22■■□□□ 1.11
GPC1-204ENST00000426280 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa21.96■■□□□ 1.11
GPC1-204ENST00000426280 JPH4Q96JJ6 628 aa21.9■■□□□ 1.1
GPC1-204ENST00000426280 SHROOM2Q13796 1616 aa21.9■■□□□ 1.1
GPC1-204ENST00000426280 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa21.88■■□□□ 1.09
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