RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	DYS1	P38791	387 aa		5.1	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	ADE12	P80210	433 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	SYT1	Q06836	1226 aa		5.1	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	RPC31	P17890	251 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	FPS1	P23900	669 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	BOI1	P38041	980 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	ICP55	P40051	511 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	LSB3	P43603	459 aa	Known RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	SKP1	P52286	194 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	CUS1	Q02554	436 aa	Predicted RBP	5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	DPH6	Q12429	685 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	LSO1	Q3E827	93 aa		5.09	□□□□□ -1.59
CSE4	YKL049C	JJJ3	P47138	172 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	SUT1	P53032	299 aa	Known RBP	5.08	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	APC11	Q12157	165 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	RPB10	P22139	70 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	GLO3	P38682	493 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	YOR296W	Q08748	1289 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	HAT1	Q12341	374 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	NCL1	P38205	684 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	GIP1	P38229	639 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	APM2	P38700	605 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	QDR1	P40475	563 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	ATG1	P53104	897 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	BSD2	P38356	321 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	HXT8	P40886	569 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	YBL113C	Q7M4S9	792 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	MSN1	P22148	382 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	NAB2	P32505	525 aa	Known RBP RIP-Chip data	5.04	□□□□□ -1.6	not detected
CSE4	YKL049C	KTR2	P33550	425 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	ISW1	P38144	1129 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	MSC7	P38694	644 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	ERP5	P38819	212 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	FIR1	P40020	876 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	NRD1	P53617	575 aa	Known RBP RIP-Chip data	5.04	□□□□□ -1.6	not detected
CSE4	YKL049C	YNR040W	P53736	256 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	HEH2	Q03281	663 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	TRL1	P09880	827 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	SSF1	P38789	453 aa	Predicted RBP	5.03	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	TY1A-DR2	Q03964	440 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	PUS1	Q12211	544 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
CSE4	YKL049C	SMC1	P32908	1225 aa		5.02	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	YBR287W	P38355	427 aa		5.02	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	ACF4	P47129	309 aa		5.02	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	ITC1	P53125	1264 aa		5.02	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	GPM1	P00950	247 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	RAD55	P38953	406 aa		5.01	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	RGD2	P43556	714 aa		5.01	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	NTA1	P40354	457 aa		5	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	PRK1	P40494	810 aa		5	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	MDJ2	P42834	146 aa		5	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	UFD2	P54860	961 aa		5	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	IDI1	P15496	288 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	PDC5	P16467	563 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	KNS1	P32350	737 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	YER156C	P40093	338 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	TIF6	Q12522	245 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	IRS4	P36115	615 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	AIM46	P38885	310 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	YIL165C	P40446	119 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	TRS120	Q04183	1289 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	AI1	P03875	834 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	STM1	P39015	273 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	PSY2	P40164	858 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	NUT2	Q06213	157 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	EMG1	Q06287	252 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	RSC2	Q06488	889 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CSE4	YKL049C	YHL050C	P38721	697 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	YHR219W	P38900	624 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	PPT1	P53043	513 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	YML020W	Q03722	664 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	FRT1	Q99332	602 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	PHM7	Q12252	991 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	MRP10	O75012	95 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	RSC4	Q02206	625 aa		4.94	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	MET1	P36150	593 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	SBE2	P42223	864 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	YJL181W	P46987	611 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	YNR014W	P53719	212 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	NSG2	P53898	299 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	YNL011C	P53980	444 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	CDC55	Q00362	526 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	THI72	Q08579	599 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	MNL2	Q12205	849 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	SLD2	P34252	453 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	PGM2	P37012	569 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	ALG14	P38242	237 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	PPX1	P38698	397 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	SEN54	Q02825	467 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	GIS4	Q04233	774 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	MSC6	Q08818	692 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	FUS1	P11710	512 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	NAR1	P23503	491 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	SEC20	P28791	383 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	PYC2	P32327	1180 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	MDJ1	P35191	511 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	BOI2	P39969	1040 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	YFL066C	P43538	392 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CSE4	YKL049C	ALD3	P54114	506 aa		4.91	□□□□□ -1.62

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