RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	PRS4	P38063	326 aa	Predicted RBP	1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SEC72	P39742	193 aa	Known RBP	1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PHS1	P40857	217 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SMD3	P43321	101 aa	Known RBP	1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	XPT1	P47165	209 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	EMC4	P53073	190 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YGL034C	P53186	121 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	EST3	Q03096	181 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	UPS3	Q04006	179 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SHH3	Q04487	196 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PAU23	Q07987	124 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	RFU1	Q08003	200 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	HRD1	Q08109	551 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YLR118C	Q12354	227 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PAU17	Q12370	124 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	Q0144	Q9ZZW2	109 aa		1.5	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	BEM2	P39960	2167 aa	Known RBP	1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	QRI5	P32344	111 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	MGM101	P32787	269 aa	Known RBP	1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	TIM12	P32830	109 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	FIG1	P38224	298 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	UMP1	P38293	148 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SLM6	P38343	150 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YER134C	P40081	178 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	MSL1	P40567	111 aa	Predicted RBP	1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	ERJ5	P43613	295 aa	Predicted RBP	1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YFR054C	P43622	192 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	TTI2	P47168	421 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	BRR6	P53062	197 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PIR1	Q03178	341 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SEI1	Q06058	285 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YPR147C	Q06522	304 aa	Known RBP	1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SYM1	Q06563	197 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YOR105W	Q08504	108 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YLR363W-A	Q3E747	85 aa		1.49	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	MDM35	O60200	86 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	POR1	P04840	283 aa	Known RBP	1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	RPS22A	P0C0W1	130 aa	Known RBP	1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YKR104W	P0CE69	306 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	DDI2	P0CH63	225 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	DDI3	P0CH64	225 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	INO4	P13902	151 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	FCY2	P17064	533 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	DAL82	P21705	255 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	QCR9	P22289	66 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	MRP49	P32388	137 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SPS18	P32572	300 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	GSP2	P32836	220 aa	Known RBP	1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PAU16	P35994	123 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	DOG2	P38773	246 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YHR180W	P38868	163 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	COX15	P40086	486 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	ARC15	P40518	154 aa	RIP-Chip data	1.48	□□□□□ -2.17	not detected
CSE4	YKL049C	YNR064C	P53750	290 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	RHO3	Q00245	231 aa	Known RBP	1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PET191	Q02772	108 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	ELC1	Q03071	99 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YDR391C	Q04170	232 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YMR082C	Q04276	118 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YPR174C	Q06616	221 aa	Predicted RBP	1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PAM18	Q07914	168 aa		1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	FSF1	Q12029	327 aa	Known RBP	1.48	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YHR032W-A	P0C5N6	59 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	MDH2	P22133	377 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	HYP2	P23301	157 aa	Known RBP	1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	MRS4	P23500	304 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PEX4	P29340	183 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	OCH1	P31755	480 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	GSP1	P32835	219 aa	Known RBP	1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SHB17	P36136	271 aa	Known RBP	1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	ATX1	P38636	73 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SNU13	P39990	126 aa	Known RBP	1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	TDA4	P47153	279 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YGL235W	P53071	178 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YGL230C	P53074	147 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	GEP7	P53171	287 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YML096W	Q04489	525 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	RIM9	Q04734	239 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	PRP11	Q07350	266 aa	Predicted RBP	1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	COQ10	Q08058	207 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YPL162C	Q12042	273 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	YDL157C	Q12082	118 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	BOL1	Q3E793	110 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	SCS22	Q6Q595	175 aa		1.47	□□□□□ -2.17
CSE4	YKL049C	VAR1	P02381	398 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	MRS1	P07266	363 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	YPR170W-B	P0C5R9	85 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	AHT1	P29589	182 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	PAM17	P36147	197 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	YKR070W	P36151	352 aa	Known RBP	1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	DER1	P38307	211 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	YHR130C	P38834	111 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	YHR138C	P38841	114 aa	Predicted RBP	1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	TVP23	P38962	199 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	CYB5	P40312	120 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	YIL163C	P40448	117 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	GPI2	P46961	280 aa		1.46	□□□□□ -2.18
CSE4	YKL049C	YNL184C	P53876	108 aa		1.46	□□□□□ -2.18

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