RNA–Protein interactions for RNA: YPR179C

HDA3, Transcript of Subunit of the HDA1 histone deacetylase complex, yeast

Gene HDA3, Length 1,968 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
HDA3	YPR179C	YLR412C-A	Q3E742	68 aa		0.74	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	ARO7	P32178	256 aa		0.74	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	GSP2	P32836	220 aa	Known RBP	0.74	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	YEL067C	P39978	195 aa		0.74	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	SHH4	Q06236	168 aa		0.74	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	YHR212W-A	P0CX91	67 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	RPB7	P34087	171 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	YKL102C	P34249	101 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	SEC72	P39742	193 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	NSA2	P40078	261 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	SOK1	P40317	901 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	SBH1	P52870	82 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	ATG38	Q05789	226 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	ATP20	Q12233	115 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	DGK1	Q12382	290 aa		0.73	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	YCL042W	P25572	119 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	CLG1	P35190	452 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	NVJ1	P38881	321 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	YEL008W	P40001	126 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	POG1	P40473	351 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	ALB1	P47019	175 aa	Predicted RBP	0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	UPS3	Q04006	179 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	GPI17	Q04080	534 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	YCR023C	P25351	611 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	STP22	P25604	385 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	PIR1	Q03178	341 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	GAL83	Q04739	417 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	DAS2	Q12084	232 aa		0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	PST2	Q12335	198 aa	Known RBP	0.72	□□□□□ -2.29
HDA3	YPR179C	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	TRR1	P29509	319 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RRT1	P38192	103 aa		0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RFC2	P40348	353 aa		0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RRP17	Q04031	235 aa	Predicted RBP	0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	HPT1	Q04178	221 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	SLH1	P53327	1967 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	CPR5	P35176	225 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	EGD2	P38879	174 aa	Known RBP	0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	SOL1	P50278	321 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	JAC1	P53193	184 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YIP3	P53633	176 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YOR015W	Q12169	119 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	PEX11	Q12462	236 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	COA3	Q3E7B2	85 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	STF2	P16965	84 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	MAK5	P38112	773 aa	Predicted RBP	0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	SRP14	P38985	146 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YLR460C	P54007	376 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	VPS28	Q02767	242 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	MET31	Q03081	177 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	UPS1	Q05776	175 aa		0.7	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	CHD1	P32657	1468 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	SEN2	P16658	377 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	HSP30	P25619	332 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	FYV4	P38783	130 aa	Predicted RBP	0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	MPM1	P40364	252 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	NSE4	P43124	402 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	TTI2	P47168	421 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RPL37A	P49166	88 aa	Known RBP	0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YGL235W	P53071	178 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YMR007W	Q03675	126 aa		0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	DUR1,2	P32528	1835 aa	Known RBP	0.69	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YNL200C	P40165	246 aa	Known RBP	0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	HUA1	P40325	198 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YKR005C	Q02203	525 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	GRX5	Q02784	150 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	DML1	Q03652	475 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YHP1	Q04116	353 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	ATG41	Q12048	136 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YOR214C	Q12282	236 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RAD51	P25454	400 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	TIM13	P53299	105 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RIM9	Q04734	239 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	ELP6	Q04868	273 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YPR127W	Q06494	345 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YLR050C	Q12155	161 aa	Known RBP	0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	TAR1	Q8TGM6	124 aa		0.68	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RPL35A	P0CX84	120 aa	Known RBP	0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RPL35B	P0CX85	120 aa	Known RBP	0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YBL010C	P32788	280 aa		0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YDR391C	Q04170	232 aa		0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YMR030W-A	Q3E760	96 aa		0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YOR381W-A	Q3E804	55 aa		0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	SAC3	P46674	1301 aa		0.67	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	RAD6	P06104	172 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	MAK31	P23059	88 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	MRPL15	P36523	253 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	ETR1	P38071	380 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	CSH1	P38287	376 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	XPT1	P47165	209 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	SBH2	P52871	88 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	YNL140C	P53910	189 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	PLP1	Q04004	230 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	CCS1	P40202	249 aa	Known RBP	0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	GIM5	Q04493	163 aa		0.66	□□□□□ -2.3
HDA3	YPR179C	CMD1	P06787	147 aa	Known RBP	0.65	□□□□□ -2.31
HDA3	YPR179C	UBC8	P28263	218 aa		0.65	□□□□□ -2.31
HDA3	YPR179C	AHT1	P29589	182 aa		0.65	□□□□□ -2.31
HDA3	YPR179C	NUF2	P33895	451 aa		0.65	□□□□□ -2.31
HDA3	YPR179C	YRA2	P36036	203 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.65	□□□□□ -2.31	not detected

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