RNA–Protein interactions for RNA: YGR003W

CUL3, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene CUL3, Length 2,235 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CUL3	YGR003W	IKI1	P38874	309 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	YEA4	P40004	342 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	HMF1	P40037	129 aa	Known RBP	0.3	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	DAD4	P69851	72 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	LCL2	Q08045	131 aa		0.3	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	THG1	P53215	237 aa	Known RBP	0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	AIM36	Q03798	255 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	NAT3	Q06504	195 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	YAR023C	D6VPM8	179 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	CKS1	P20486	150 aa	Known RBP	0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	RPB7	P34087	171 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	HPA3	P39979	161 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	SER2	P42941	309 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	YJR111C	P47148	283 aa	Known RBP	0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	GET1	P53192	235 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	YMR007W	Q03675	126 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	YOL014W	Q08110	124 aa		0.29	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	MRS1	P07266	363 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	PAM17	P36147	197 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	SKI6	P46948	246 aa	Predicted RBP	0.28	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	PRP11	Q07350	266 aa	Predicted RBP	0.28	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	NCB2	Q92317	146 aa		0.28	□□□□□ -2.36
CUL3	YGR003W	HFA1	P32874	2273 aa		0.28	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	FMP23	P38231	175 aa		0.28	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YNL033W	P53964	284 aa		0.28	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	RNH1	Q04740	348 aa		0.28	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MBF1	O14467	151 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	CDC36	P06100	191 aa	Predicted RBP	0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	TIR1	P10863	254 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ASF2	P32448	525 aa	Predicted RBP	0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	TRM5	P38793	499 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	RFC4	P40339	323 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YDR391C	Q04170	232 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	FYV12	Q08559	129 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MDM32	Q12171	622 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	TAR1	Q8TGM6	124 aa		0.27	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	HTB1	P02293	131 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	HTB2	P02294	131 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YCR090C	P25654	182 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YPR203W	Q08994	102 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YML100W-A	Q8TGT0	57 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MGT1	P26188	188 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YHL037C	P38733	133 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YFL019C	P43576	117 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	GPI14	P47088	403 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	UBC12	P52491	188 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	TIM11	P81449	96 aa	Predicted RBP	0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	BNA7	Q04066	261 aa		0.26	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	CBF1	P17106	351 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YER134C	P40081	178 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	GCN20	P43535	752 aa	Known RBP	0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	NOP19	P53317	196 aa	Predicted RBP	0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YNL184C	P53876	108 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	PGA2	P53903	129 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ARO80	Q04052	950 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YMR253C	Q04835	414 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MTW1	P39731	289 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	PDS1	P40316	373 aa	Predicted RBP	0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MPM1	P40364	252 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	UPS3	Q04006	179 aa		0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	RUD3	Q12234	484 aa	Known RBP	0.25	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	QCR7	P00128	127 aa		0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	IDP1	P21954	428 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MMS2	P53152	137 aa		0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MET31	Q03081	177 aa		0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YMR295C	Q03559	197 aa		0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	SHH3	Q04487	196 aa		0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	DYN3	Q04949	312 aa		0.24	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MATALPHA2	P0CY08	210 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	HMLALPHA2	P0CY09	210 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ARO7	P32178	256 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	MRPL15	P36523	253 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YBR242W	P38331	238 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	SPC25	P40014	221 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ALB1	P47019	175 aa	Predicted RBP	0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ELP6	Q04868	273 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	SNF4	P12904	322 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	UGX2	P32772	223 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	CPR5	P35176	225 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	CUP9	P41817	306 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YFL051C	P43552	160 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	VPS71	Q03433	280 aa		0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YPK2	P18961	677 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	GSP2	P32836	220 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ETR1	P38071	380 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	YGL235W	P53071	178 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	ATP20	Q12233	115 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	IGO2	Q9P305	131 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	APA2	P22108	325 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	UBC8	P28263	218 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	SFK1	P35735	353 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	TDA4	P47153	279 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	FUS2	Q05670	677 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	UPS1	Q05776	175 aa		0.22	□□□□□ -2.37
CUL3	YGR003W	RIF1	P29539	1916 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	STF2	P16965	84 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	STP22	P25604	385 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	AIM2	P39721	246 aa		0.21	□□□□□ -2.38
CUL3	YGR003W	RRP17	Q04031	235 aa	Predicted RBP	0.21	□□□□□ -2.38

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