RNA–Protein interactions for RNA: YNL223W

ATG4, Transcript of Conserved cysteine protease required for autophagy, yeast

Gene ATG4, Length 1,485 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG4	YNL223W	SPS100	P13130	326 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	REC104	P33323	182 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	YKL162C	P36052	402 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	SLM6	P38343	150 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	ECM14	P38836	430 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	IKI1	P38874	309 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	YEA4	P40004	342 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	EMC5	P40540	141 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	SNN1	P48232	102 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	YNL046W	P53956	172 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	YMR082C	Q04276	118 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	YFH1	Q07540	174 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	YOR029W	Q12243	111 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	ATG5	Q12380	294 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	AIM45	Q12480	344 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	BOL1	Q3E793	110 aa		4.97	□□□□□ -1.61
ATG4	YNL223W	ZRC1	P20107	442 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ROX3	P25046	220 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	LSB5	P25369	354 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ERV1	P27882	189 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	MTR2	P34232	184 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ECM31	P38122	312 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CUE1	P38428	203 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PIR5	P46999	287 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	BNA2	P47125	453 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YGL262W	P53054	175 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PEF1	P53238	335 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	WSC2	P53832	503 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TEX1	P53851	422 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	APJ1	P53940	528 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	RPL21A	Q02753	160 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YMR090W	Q04304	227 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	GMC1	Q04399	608 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	HOF1	Q05080	669 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	HRD1	Q08109	551 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	RPL21B	Q12672	160 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YMR105W-A	Q8TGS8	64 aa		4.96	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	GDH1	P07262	454 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SPC29	P33419	253 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CTR2	P38865	189 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	FMP41	P53889	259 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YCL001W-A	P87012	153 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YPL264C	Q08980	353 aa		4.95	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YMR31	P19955	123 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YCR025C	P25352	136 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SRB6	P32570	121 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SIP1	P32578	815 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YKL187C	P34231	750 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CBT1	P36038	271 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YER121W	P40076	114 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TTI2	P47168	421 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	GEP7	P53171	287 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YNL092W	P53934	400 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ERV25	P54837	211 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	MRPS17	Q03246	237 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ECM18	Q04623	453 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SNA4	Q07549	140 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	VMA9	Q3E7B6	73 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YHR213W-A	Q8TGT4	77 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ATP10	P18496	279 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	LDS1	P31379	325 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SPS18	P32572	300 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ISC10	P32645	267 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YHR138C	P38841	114 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SGN1	P40561	250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.94	□□□□□ -1.62	not detected
ATG4	YNL223W	QRI1	P43123	477 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YFL015C	P43578	164 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	MCM22	P47167	239 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YGR050C	P53231	118 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TIM11	P81449	96 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	LPP1	Q04396	274 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SDO1	Q07953	250 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PRR2	Q12310	699 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TY1A-DR3	Q12441	440 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	AGC1	Q12482	902 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	COX19	Q3E731	98 aa		4.94	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YDR157W	A0A023PZE8	133 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	VPS63	O13549	108 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CNB1	P25296	175 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	MSK1	P32048	576 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ECM25	P32525	599 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SPC25	P40014	221 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	GAT2	P40209	560 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YJL118W	P47022	219 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YJR056C	P47115	236 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	ERG25	P53045	309 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YNR066C	P53752	436 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PDR17	P53844	350 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	FSH2	Q05015	223 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	TDA6	Q06466	467 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	YPD1	Q07688	167 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	PML1	Q07930	204 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	HBN1	Q96VH4	193 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	Q0142	Q9ZZW4	58 aa		4.93	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	RPL9A	P05738	191 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CUP1-1	P0CX80	61 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	CUP1-2	P0CX81	61 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	UPS2	P35200	230 aa		4.92	□□□□□ -1.62
ATG4	YNL223W	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 46.1 ms