RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000299633.6

HDGFL3-201, Transcript of HDGF like 3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HDGFL3, Length 12,733 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDGFL3-201ENST00000299633 GPATCH11Q8N954 259 aa13.55□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 EZRP15311 586 aaKnown RBP13.55□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 R3HCC1Q9Y3T6 440 aaKnown RBP13.55□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 KANK1Q14678 1352 aa13.54□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 BAZ2BQ9UIF8 2168 aaKnown RBP13.54□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 MROH2BQ7Z745 1585 aa13.54□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 CCP110O43303 1012 aa13.54□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 MICAL3Q7RTP6 2002 aa13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 TCEAL9Q9UHQ7 104 aa13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 MORC1Q86VD1 984 aa13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 SKIDA1Q1XH10 827 aa13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 FOXD4L6Q3SYB3 417 aaPredicted RBP13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 FOXD4L3Q6VB84 417 aaPredicted RBP13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 ITPRIPQ8IWB1 547 aa13.53□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa13.52□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP13.52□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 FAM184AQ8NB25 1140 aa13.52□□□□□ -0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 NUMA1Q14980 2115 aa13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 NASPP49321 788 aaPredicted RBP13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 DDX11Q96FC9 970 aa13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 LMOD2Q6P5Q4 547 aa13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 GBP2P32456 591 aaPredicted RBP13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 DHX37Q8IY37 1157 aaKnown RBP13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CEP63Q96MT8 703 aa13.52□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 ERICH4A6NGS2 130 aa13.51□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CHMP4CQ96CF2 233 aa13.51□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 MCTP1Q6DN14 999 aa13.51□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 EIF3JO75822 258 aaKnown RBP13.51□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 AKAP17AQ02040 695 aaKnown RBP13.51□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 SOX12O15370 315 aa13.5□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CLGNO14967 610 aa13.5□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP13.5□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 TICAM2Q86XR7 235 aa13.5□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 SLC26A8Q96RN1 970 aa13.49□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CCDC47Q96A33 483 aaKnown RBP13.49□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP13.49□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP13.49□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 NFKBIBQ15653 356 aa13.48□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 NAT10Q9H0A0 1025 aaKnown RBP13.48□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CCDC175P0C221 793 aa13.48□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 GORABQ5T7V8 394 aa13.48□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 GOLGA6L10A0A0M3HER8 536 aa13.47□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa13.47□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 RABEP1Q15276 862 aa13.47□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 PKD2Q13563 968 aa13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 CCDC146Q8IYE0 955 aa13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 SMARCA2P51531 1590 aa13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 PRDM10Q9NQV6 1147 aa13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 ANKRD62A6NC57 917 aa13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 IRX3P78415 501 aaPredicted RBP13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 SASS6Q6UVJ0 657 aa13.46□□□□□ -0.25
HDGFL3-201ENST00000299633 PLIN1O60240 522 aa13.46□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 FBXW7Q969H0 707 aa13.45□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 HMGB1P09429 215 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 TTLL5Q6EMB2 1281 aa13.44□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 ZFYVE27Q5T4F4 411 aa13.44□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 PPM1EQ8WY54 764 aa13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 TNNT1P13805 278 aa13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 FAM161AQ3B820 660 aa13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 LRRCC1Q9C099 1032 aa13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 ANKRD12Q6UB98 2062 aa13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 SEPT6Q14141 434 aa13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 IPO4Q8TEX9 1081 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 SETSIPP0DME0 302 aa13.42□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 CGNL1Q0VF96 1302 aa13.42□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 OLFM4Q6UX06 510 aa13.42□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 EXOC6Q8TAG9 804 aa13.42□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 OFD1O75665 1012 aa13.42□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 CHMP3Q9Y3E7 222 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 STK26Q9P289 416 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 FMN1Q68DA7 1419 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 UQCRHLA0A096LP55 91 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 UQCRHP07919 91 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 FAM107BQ9H098 131 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 LMOD3Q0VAK6 560 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 IQCEQ6IPM2 695 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 PDILTQ8N807 584 aa13.41□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 CCDC91Q7Z6B0 441 aa13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 SMARCA4P51532 1647 aa13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 CALCOCO1Q9P1Z2 691 aa13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 WDR66Q8TBY9 1149 aa13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 SSR1P43307 286 aaKnown RBP13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 DAAM2Q86T65 1068 aa13.4□□□□□ -0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 GTF2A1P52655 376 aaPredicted RBP13.4□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 TRIM29Q14134 588 aa13.4□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 SMARCE1Q969G3 411 aa13.39□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 FAM193AP78312 1265 aa13.39□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 MPHOSPH9Q99550 1183 aa13.39□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 SUDS3Q9H7L9 328 aaPredicted RBP13.39□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa13.39□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 BICD2Q8TD16 824 aa13.39□□□□□ -0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 TAX1BP1Q86VP1 789 aa13.39□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 70.3 ms