RNA–Protein interactions for RNA: YGR003W

CUL3, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene CUL3, Length 2,235 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CUL3	YGR003W	ERV29	P53337	310 aa		0.51	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YNR077C	P53758	84 aa		0.51	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	MEI4	P29467	408 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	UPS2	P35200	230 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	SRY1	P36007	326 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YAR068W	P39564	161 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	IRC22	P40006	225 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	TRM9	P49957	279 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	ERG25	P53045	309 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	RMR1	P53060	241 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	PDR18	P53756	1333 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	RPL27B	P0C2H7	136 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	NTF2	P33331	125 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YBR063C	P38083	404 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	RPL33B	P41056	107 aa	Known RBP	0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	SNU23	Q12368	194 aa	Predicted RBP	0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	PSF1	Q12488	208 aa		0.5	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	CDC8	P00572	216 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YUH1	P35127	236 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	RIB1	P38066	345 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	LDB7	P38210	180 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	URA8	P38627	578 aa	Predicted RBP	0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	TIR3	P40552	269 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	TPO4	Q12256	659 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YOR020W-A	Q3E824	90 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	REP2	P03872	296 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YPR170W-B	P0C5R9	85 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	SVP26	P38869	228 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	VTC1	P40046	129 aa	RIP-Chip data	0.49	□□□□□ -2.33	not detected
CUL3	YGR003W	YMR144W	P40214	342 aa	Known RBP	0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YLR173W	Q06247	608 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	PAM18	Q07914	168 aa		0.49	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	MATALPHA1	P0CY06	175 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	HMLALPHA1	P0CY07	175 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	AIF1	P52923	378 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	DOC1	P53068	250 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	BUD25	P85052	153 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YML096W	Q04489	525 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	SRB4	P32569	687 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	FZF1	P32805	299 aa		0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	RPL13B	P40212	199 aa	Known RBP	0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	HAM1	P47119	197 aa	Known RBP	0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YNL010W	P53981	241 aa	Known RBP	0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	RPL13A	Q12690	199 aa	Predicted RBP	0.48	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	DRS2	P39524	1355 aa		0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	AQY2	P0CD90	149 aa		0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	PGD1	P40356	397 aa		0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	ICE2	P40499	491 aa		0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	SRL4	Q03085	281 aa		0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	LPP1	Q04396	274 aa		0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	SLH1	P53327	1967 aa	Known RBP	0.47	□□□□□ -2.33
CUL3	YGR003W	YLR156W	P0CE96	114 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YLR159W	P0CE97	114 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YLR161W	P0CE98	114 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	CDC10	P25342	322 aa	Known RBP	0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	GAA1	P39012	614 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MCM22	P47167	239 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MPA43	P53583	542 aa	Predicted RBP	0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	LAP3	Q01532	483 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.46	□□□□□ -2.34	not detected
CUL3	YGR003W	MZM1	Q03429	123 aa	Predicted RBP	0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YIL177C	P40434	1758 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YJL225C	P40889	1758 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	QCR8	P08525	94 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TCD1	P38756	429 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	YNL217W	P40152	326 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	NUP57	P48837	541 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ALG13	P53178	202 aa		0.46	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	FAS1	P07149	2051 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MDN1	Q12019	4910 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	BCY1	P07278	416 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	LIA1	P47120	325 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	GAS3	Q03655	524 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SSQ1	Q05931	657 aa	Predicted RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RHO1	P06780	209 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	GPA2	P10823	449 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	UTP30	P36144	274 aa	Known RBP	0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	VMA22	P38784	181 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	RPC17	P47076	161 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ILM1	P47155	203 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	NOP13	P53883	403 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.45	□□□□□ -2.34	not detected
CUL3	YGR003W	ABF2	Q02486	183 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	PET117	Q02771	107 aa		0.45	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	CDC28	P00546	298 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	CPA1	P07258	411 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	DBF2	P22204	572 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SEC17	P32602	292 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MRPL17	P36528	281 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	DOG2	P38773	246 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	NSA1	P53136	463 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	POP3	P53833	195 aa	Predicted RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	KRE28	Q04431	385 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MCP1	Q12106	302 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TDA8	Q6B2U8	126 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	MSB2	P32334	1306 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	ACC1	Q00955	2233 aa	Known RBP	0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	TUS1	Q06412	1307 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	SPT3	P06844	337 aa		0.44	□□□□□ -2.34
CUL3	YGR003W	URA6	P15700	204 aa		0.44	□□□□□ -2.34

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