RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000618056.4

PMS1-220, Transcript of PMS1 homolog 1, mismatch repair system component, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PMS1, Length 1,468 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PMS1-220ENST00000618056 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa39.67■■■■□ 3.94
PMS1-220ENST00000618056 MTUS2Q5JR59 1369 aa39.64■■■■□ 3.94
PMS1-220ENST00000618056 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP39.61■■■■□ 3.93
PMS1-220ENST00000618056 SCAPERQ9BY12 1400 aa39.61■■■■□ 3.93
PMS1-220ENST00000618056 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa39.6■■■■□ 3.93
PMS1-220ENST00000618056 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa39.6■■■■□ 3.93
PMS1-220ENST00000618056 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa39.58■■■■□ 3.93
PMS1-220ENST00000618056 POGZQ7Z3K3 1410 aa39.57■■■■□ 3.92
PMS1-220ENST00000618056 TIAM1Q13009 1591 aa39.55■■■■□ 3.92
PMS1-220ENST00000618056 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa39.52■■■■□ 3.92
PMS1-220ENST00000618056 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP39.52■■■■□ 3.92
PMS1-220ENST00000618056 MAGI2Q86UL8 1455 aa39.49■■■■□ 3.91
PMS1-220ENST00000618056 ABCC1P33527 1531 aa39.47■■■■□ 3.91
PMS1-220ENST00000618056 MAP3K1Q13233 1512 aa39.46■■■■□ 3.91
PMS1-220ENST00000618056 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa39.45■■■■□ 3.91
PMS1-220ENST00000618056 CCNB3Q8WWL7 1395 aa39.44■■■■□ 3.9
PMS1-220ENST00000618056 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa39.43■■■■□ 3.9
PMS1-220ENST00000618056 ITSN2Q9NZM3 1697 aa39.43■■■■□ 3.9
PMS1-220ENST00000618056 KDM5CP41229 1560 aa39.42■■■■□ 3.9
PMS1-220ENST00000618056 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP39.42■■■■□ 3.9
PMS1-220ENST00000618056 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa39.39■■■■□ 3.9
PMS1-220ENST00000618056 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa39.38■■■■□ 3.89
PMS1-220ENST00000618056 YEATS2Q9ULM3 1422 aa39.37■■■■□ 3.89
PMS1-220ENST00000618056 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa39.36■■■■□ 3.89
PMS1-220ENST00000618056 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP39.34■■■■□ 3.89
PMS1-220ENST00000618056 NCOA2Q15596 1464 aa39.33■■■■□ 3.89
PMS1-220ENST00000618056 AFAP1Q8N556 730 aa39.33■■■■□ 3.89
PMS1-220ENST00000618056 HECW2Q9P2P5 1572 aa39.31■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa39.31■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP39.3■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa39.29■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa39.27■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 SYCP2Q9BX26 1530 aa39.27■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 BCORL1Q5H9F3 1711 aa39.27■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 MLH3Q9UHC1 1453 aa39.27■■■■□ 3.88
PMS1-220ENST00000618056 ADAMTSL3P82987 1691 aa39.25■■■■□ 3.87
PMS1-220ENST00000618056 ATP10AO60312 1499 aa39.24■■■■□ 3.87
PMS1-220ENST00000618056 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa39.24■■■■□ 3.87
PMS1-220ENST00000618056 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP39.2■■■■□ 3.87
PMS1-220ENST00000618056 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP39.2■■■■□ 3.87
PMS1-220ENST00000618056 C9orf84Q5VXU9 1444 aa39.19■■■■□ 3.86
PMS1-220ENST00000618056 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa39.17■■■■□ 3.86
PMS1-220ENST00000618056 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa39.17■■■■□ 3.86
PMS1-220ENST00000618056 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP39.16■■■■□ 3.864e-6■■■■□ 23.6
PMS1-220ENST00000618056 APLP2Q06481 763 aa39.16■■■■□ 3.86
PMS1-220ENST00000618056 ABCA6Q8N139 1617 aa39.15■■■■□ 3.86
PMS1-220ENST00000618056 REREQ9P2R6 1566 aa39.13■■■■□ 3.85
PMS1-220ENST00000618056 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP39.12■■■■□ 3.85
PMS1-220ENST00000618056 MYT1LQ9UL68 1186 aa39.11■■■■□ 3.85
PMS1-220ENST00000618056 MBD5Q9P267 1494 aa39.09■■■■□ 3.85
PMS1-220ENST00000618056 MADDQ8WXG6 1647 aa39.08■■■■□ 3.85
PMS1-220ENST00000618056 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa39.06■■■■□ 3.84
PMS1-220ENST00000618056 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP39.05■■■■□ 3.84
PMS1-220ENST00000618056 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP39.05■■■■□ 3.84
PMS1-220ENST00000618056 ATP7AQ04656 1500 aa39.03■■■■□ 3.84
PMS1-220ENST00000618056 MYOM3Q5VTT5 1437 aa39■■■■□ 3.83
PMS1-220ENST00000618056 PTPRMP28827 1452 aa38.99■■■■□ 3.83
PMS1-220ENST00000618056 MIA2Q96PC5 1412 aa38.98■■■■□ 3.83
PMS1-220ENST00000618056 AGLP35573 1532 aa38.98■■■■□ 3.83
PMS1-220ENST00000618056 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP38.97■■■■□ 3.83
PMS1-220ENST00000618056 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa38.95■■■■□ 3.83
PMS1-220ENST00000618056 CCDC141Q6ZP82 1450 aa38.94■■■■□ 3.82
PMS1-220ENST00000618056 ARHGEF5Q12774 1597 aa38.94■■■■□ 3.82
PMS1-220ENST00000618056 RSPH4AQ5TD94 716 aa38.93■■■■□ 3.82
PMS1-220ENST00000618056 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa38.91■■■■□ 3.82
PMS1-220ENST00000618056 MLECQ14165 292 aa38.9■■■■□ 3.82
PMS1-220ENST00000618056 ADGBQ8N7X0 1667 aa38.88■■■■□ 3.81
PMS1-220ENST00000618056 PLXNC1O60486 1568 aa38.85■■■■□ 3.81
PMS1-220ENST00000618056 A2MP01023 1474 aa38.82■■■■□ 3.81
PMS1-220ENST00000618056 PTPN23Q9H3S7 1636 aa38.78■■■■□ 3.8
PMS1-220ENST00000618056 FGD6Q6ZV73 1430 aa38.76■■■■□ 3.79
PMS1-220ENST00000618056 MAST1Q9Y2H9 1570 aa38.75■■■■□ 3.79
PMS1-220ENST00000618056 TSPY4P0CV99 314 aa38.73■■■■□ 3.79
PMS1-220ENST00000618056 TSPY10P0CW01 314 aa38.73■■■■□ 3.79
PMS1-220ENST00000618056 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP38.7■■■■□ 3.79
PMS1-220ENST00000618056 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP38.68■■■■□ 3.78
PMS1-220ENST00000618056 CROCC2H7BZ55 1655 aa38.64■■■■□ 3.78
PMS1-220ENST00000618056 CNTLNQ9NXG0 1405 aa38.62■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP38.61■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 SHANK2Q9UPX8 1470 aa38.59■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP38.59■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 MROH2AA6NES4 1674 aa38.58■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 C3P01024 1663 aa38.58■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 ABCC5O15440 1437 aa38.58■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP38.57■■■■□ 3.77
PMS1-220ENST00000618056 PLPPR3Q6T4P5 718 aa38.55■■■■□ 3.76
PMS1-220ENST00000618056 DAPK1P53355 1430 aa38.55■■■■□ 3.76
PMS1-220ENST00000618056 PPP6R1Q9UPN7 881 aa38.53■■■■□ 3.76
PMS1-220ENST00000618056 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP38.52■■■■□ 3.76
PMS1-220ENST00000618056 LMTK3Q96Q04 1460 aa38.51■■■■□ 3.76
PMS1-220ENST00000618056 GGT6Q6P531 493 aa38.51■■■■□ 3.76
PMS1-220ENST00000618056 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP38.51■■■■□ 3.75
PMS1-220ENST00000618056 KIF3BO15066 747 aa38.47■■■■□ 3.75
PMS1-220ENST00000618056 PREX1Q8TCU6 1659 aa38.47■■■■□ 3.75
PMS1-220ENST00000618056 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP38.46■■■■□ 3.75
PMS1-220ENST00000618056 DUOX2Q9NRD8 1548 aa38.44■■■■□ 3.74
PMS1-220ENST00000618056 FAM135AQ9P2D6 1515 aa38.44■■■■□ 3.74
PMS1-220ENST00000618056 ZMYM3Q14202 1370 aa38.42■■■■□ 3.74
PMS1-220ENST00000618056 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP38.41■■■■□ 3.74
PMS1-220ENST00000618056 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP38.39■■■■□ 3.74
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.1 ms