RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000458294.5

PBRM1-218, Transcript of polybromo 1, human

TSL 3

Gene PBRM1, Length 476 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PBRM1-218	ENST00000458294	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		43.62	■■■■■ 4.57
PBRM1-218	ENST00000458294	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	43.61	■■■■■ 4.57
PBRM1-218	ENST00000458294	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		43.61	■■■■■ 4.57
PBRM1-218	ENST00000458294	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		43.59	■■■■■ 4.57
PBRM1-218	ENST00000458294	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		43.58	■■■■■ 4.57
PBRM1-218	ENST00000458294	KIF14	Q15058	1648 aa		43.53	■■■■■ 4.56
PBRM1-218	ENST00000458294	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		43.53	■■■■■ 4.56
PBRM1-218	ENST00000458294	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	43.49	■■■■■ 4.55
PBRM1-218	ENST00000458294	CLIP1	P30622	1438 aa		43.45	■■■■■ 4.55
PBRM1-218	ENST00000458294	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		43.44	■■■■■ 4.55
PBRM1-218	ENST00000458294	FBXO41	Q8TF61	875 aa		43.44	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	ATP10A	O60312	1499 aa		43.44	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		43.42	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		43.41	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		43.39	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		43.39	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	MLEC	Q14165	292 aa		43.39	■■■■■ 4.54
PBRM1-218	ENST00000458294	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		43.35	■■■■■ 4.53
PBRM1-218	ENST00000458294	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		43.35	■■■■■ 4.53
PBRM1-218	ENST00000458294	KDM5C	P41229	1560 aa		43.33	■■■■■ 4.53
PBRM1-218	ENST00000458294	HSPA2	P54652	639 aa		43.28	■■■■■ 4.52
PBRM1-218	ENST00000458294	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		43.27	■■■■■ 4.52
PBRM1-218	ENST00000458294	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		43.26	■■■■■ 4.52
PBRM1-218	ENST00000458294	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		43.26	■■■■■ 4.52
PBRM1-218	ENST00000458294	AFAP1	Q8N556	730 aa		43.24	■■■■■ 4.51
PBRM1-218	ENST00000458294	PREX2	Q70Z35	1606 aa		43.22	■■■■■ 4.51
PBRM1-218	ENST00000458294	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		43.18	■■■■■ 4.5
PBRM1-218	ENST00000458294	RERE	Q9P2R6	1566 aa		43.17	■■■■■ 4.5
PBRM1-218	ENST00000458294	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		43.15	■■■■■ 4.5
PBRM1-218	ENST00000458294	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		43.14	■■■■■ 4.5
PBRM1-218	ENST00000458294	ABCC1	P33527	1531 aa		43.14	■■■■■ 4.5
PBRM1-218	ENST00000458294	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		43.14	■■■■■ 4.5
PBRM1-218	ENST00000458294	ABCA6	Q8N139	1617 aa		43.1	■■■■■ 4.49
PBRM1-218	ENST00000458294	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		43.09	■■■■■ 4.49
PBRM1-218	ENST00000458294	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		43.08	■■■■■ 4.49
PBRM1-218	ENST00000458294	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		43.05	■■■■■ 4.48
PBRM1-218	ENST00000458294	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		43.05	■■■■■ 4.48
PBRM1-218	ENST00000458294	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	43.04	■■■■■ 4.48
PBRM1-218	ENST00000458294	AGL	P35573	1532 aa		43.02	■■■■■ 4.48
PBRM1-218	ENST00000458294	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		42.95	■■■■■ 4.47
PBRM1-218	ENST00000458294	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		42.94	■■■■■ 4.46
PBRM1-218	ENST00000458294	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	42.94	■■■■■ 4.46
PBRM1-218	ENST00000458294	C3	P01024	1663 aa		42.9	■■■■■ 4.46
PBRM1-218	ENST00000458294	CERK	Q8TCT0	537 aa		42.89	■■■■■ 4.46
PBRM1-218	ENST00000458294	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		42.86	■■■■■ 4.45
PBRM1-218	ENST00000458294	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	42.86	■■■■■ 4.45
PBRM1-218	ENST00000458294	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	42.85	■■■■■ 4.45
PBRM1-218	ENST00000458294	STRC	Q7RTU9	1775 aa		42.84	■■■■■ 4.45
PBRM1-218	ENST00000458294	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		42.82	■■■■■ 4.45
PBRM1-218	ENST00000458294	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		42.81	■■■■■ 4.44
PBRM1-218	ENST00000458294	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	42.81	■■■■■ 4.44
PBRM1-218	ENST00000458294	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		42.8	■■■■■ 4.44
PBRM1-218	ENST00000458294	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	42.73	■■■■■ 4.43
PBRM1-218	ENST00000458294	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		42.73	■■■■■ 4.43
PBRM1-218	ENST00000458294	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		42.72	■■■■■ 4.43
PBRM1-218	ENST00000458294	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	42.69	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		42.68	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	MROH2A	A6NES4	1674 aa		42.68	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	42.68	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	ATP7A	Q04656	1500 aa		42.67	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		42.65	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	42.65	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	PTPRT	O14522	1441 aa		42.64	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	42.63	■■■■■ 4.42
PBRM1-218	ENST00000458294	PLXNC1	O60486	1568 aa		42.61	■■■■■ 4.41
PBRM1-218	ENST00000458294	NPAT	Q14207	1427 aa		42.6	■■■■■ 4.41
PBRM1-218	ENST00000458294	A2M	P01023	1474 aa		42.57	■■■■■ 4.41
PBRM1-218	ENST00000458294	ZMYM3	Q14202	1370 aa		42.55	■■■■■ 4.4
PBRM1-218	ENST00000458294	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		42.54	■■■■■ 4.4
PBRM1-218	ENST00000458294	NCOA1	Q15788	1441 aa		42.53	■■■■■ 4.4
PBRM1-218	ENST00000458294	TIAM1	Q13009	1591 aa		42.52	■■■■■ 4.4
PBRM1-218	ENST00000458294	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	42.5	■■■■■ 4.39
PBRM1-218	ENST00000458294	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		42.48	■■■■■ 4.39
PBRM1-218	ENST00000458294	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		42.43	■■■■■ 4.38
PBRM1-218	ENST00000458294	CEP162	Q5TB80	1403 aa		42.43	■■■■■ 4.38
PBRM1-218	ENST00000458294	MBD5	Q9P267	1494 aa		42.42	■■■■■ 4.38
PBRM1-218	ENST00000458294	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	42.4	■■■■■ 4.38
PBRM1-218	ENST00000458294	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		42.38	■■■■■ 4.38
PBRM1-218	ENST00000458294	GGT6	Q6P531	493 aa		42.38	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		42.37	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		42.37	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	42.37	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		42.37	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	PTPRK	Q15262	1439 aa		42.35	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		42.32	■■■■■ 4.37
PBRM1-218	ENST00000458294	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	42.29	■■■■■ 4.36
PBRM1-218	ENST00000458294	PLA2R1	Q13018	1463 aa		42.28	■■■■■ 4.36
PBRM1-218	ENST00000458294	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	42.26	■■■■■ 4.35
PBRM1-218	ENST00000458294	NCOA2	Q15596	1464 aa		42.23	■■■■■ 4.35
PBRM1-218	ENST00000458294	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		42.23	■■■■■ 4.35
PBRM1-218	ENST00000458294	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		42.22	■■■■■ 4.35
PBRM1-218	ENST00000458294	PKD2	Q13563	968 aa		42.21	■■■■■ 4.35
PBRM1-218	ENST00000458294	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		42.2	■■■■■ 4.35
PBRM1-218	ENST00000458294	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	42.18	■■■■■ 4.34
PBRM1-218	ENST00000458294	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		42.18	■■■■■ 4.34
PBRM1-218	ENST00000458294	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		42.14	■■■■■ 4.34
PBRM1-218	ENST00000458294	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		42.12	■■■■■ 4.33
PBRM1-218	ENST00000458294	KIF3B	O15066	747 aa		42.09	■■■■■ 4.33
PBRM1-218	ENST00000458294	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		42.09	■■■■■ 4.33
PBRM1-218	ENST00000458294	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	42.08	■■■■■ 4.33

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.6 ms