RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000399494.5

HMGB1-205, Transcript of high mobility group box 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 2 BASIC

Gene HMGB1, Length 1,282 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1-205ENST00000399494 POGZQ7Z3K3 1410 aa46.86■■■■■ 5.09
HMGB1-205ENST00000399494 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP46.85■■■■■ 5.09
HMGB1-205ENST00000399494 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa46.82■■■■■ 5.09
HMGB1-205ENST00000399494 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP46.8■■■■■ 5.08
HMGB1-205ENST00000399494 LMTK3Q96Q04 1460 aa46.79■■■■■ 5.08
HMGB1-205ENST00000399494 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP46.77■■■■■ 5.08
HMGB1-205ENST00000399494 MYO5CQ9NQX4 1742 aa46.76■■■■■ 5.08
HMGB1-205ENST00000399494 KIF14Q15058 1648 aa46.76■■■■■ 5.08
HMGB1-205ENST00000399494 MLECQ14165 292 aa46.73■■■■■ 5.07
HMGB1-205ENST00000399494 ATP10AO60312 1499 aa46.7■■■■■ 5.07
HMGB1-205ENST00000399494 PLPPR3Q6T4P5 718 aa46.69■■■■■ 5.06
HMGB1-205ENST00000399494 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa46.67■■■■■ 5.06
HMGB1-205ENST00000399494 CLIP1P30622 1438 aa46.66■■■■■ 5.06
HMGB1-205ENST00000399494 FBXO41Q8TF61 875 aa46.63■■■■■ 5.06
HMGB1-205ENST00000399494 AFAP1Q8N556 730 aa46.62■■■■■ 5.05
HMGB1-205ENST00000399494 ARHGAP5Q13017 1502 aa46.6■■■■■ 5.05
HMGB1-205ENST00000399494 C9orf84Q5VXU9 1444 aa46.6■■■■■ 5.05
HMGB1-205ENST00000399494 HSPA2P54652 639 aa46.59■■■■■ 5.05
HMGB1-205ENST00000399494 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa46.58■■■■■ 5.05
HMGB1-205ENST00000399494 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa46.55■■■■■ 5.04
HMGB1-205ENST00000399494 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa46.54■■■■■ 5.04
HMGB1-205ENST00000399494 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa46.53■■■■■ 5.04
HMGB1-205ENST00000399494 KDM5CP41229 1560 aa46.5■■■■■ 5.03
HMGB1-205ENST00000399494 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa46.48■■■■■ 5.03
HMGB1-205ENST00000399494 CCDC18Q5T9S5 1454 aa46.46■■■■■ 5.03
HMGB1-205ENST00000399494 MYT1LQ9UL68 1186 aa46.43■■■■■ 5.02
HMGB1-205ENST00000399494 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP46.39■■■■■ 5.02
HMGB1-205ENST00000399494 MLH3Q9UHC1 1453 aa46.37■■■■■ 5.01
HMGB1-205ENST00000399494 PREX2Q70Z35 1606 aa46.36■■■■■ 5.01
HMGB1-205ENST00000399494 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa46.35■■■■■ 5.01
HMGB1-205ENST00000399494 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa46.35■■■■■ 5.01
HMGB1-205ENST00000399494 FYCO1Q9BQS8 1478 aa46.3■■■■■ 5
HMGB1-205ENST00000399494 REREQ9P2R6 1566 aa46.3■■■■■ 5
HMGB1-205ENST00000399494 ABCC1P33527 1531 aa46.29■■■■■ 5
HMGB1-205ENST00000399494 ABCA6Q8N139 1617 aa46.26■■■■■ 5
HMGB1-205ENST00000399494 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa46.23■■■■■ 4.99
HMGB1-205ENST00000399494 ITSN2Q9NZM3 1697 aa46.22■■■■■ 4.99
HMGB1-205ENST00000399494 PREX1Q8TCU6 1659 aa46.2■■■■■ 4.99
HMGB1-205ENST00000399494 AGLP35573 1532 aa46.18■■■■■ 4.98
HMGB1-205ENST00000399494 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP46.15■■■■■ 4.98
HMGB1-205ENST00000399494 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa46.13■■■■■ 4.98
HMGB1-205ENST00000399494 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP46.12■■■■■ 4.97
HMGB1-205ENST00000399494 CERKQ8TCT0 537 aa46.1■■■■■ 4.97
HMGB1-205ENST00000399494 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP46.09■■■■■ 4.97
HMGB1-205ENST00000399494 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa46.07■■■■■ 4.97
HMGB1-205ENST00000399494 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP46.07■■■■■ 4.97
HMGB1-205ENST00000399494 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP46.06■■■■■ 4.96
HMGB1-205ENST00000399494 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa46.05■■■■■ 4.96
HMGB1-205ENST00000399494 C3P01024 1663 aa46.02■■■■■ 4.96
HMGB1-205ENST00000399494 DMRT2Q9Y5R5 561 aa46■■■■■ 4.95
HMGB1-205ENST00000399494 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP45.99■■■■■ 4.95
HMGB1-205ENST00000399494 SYCP2Q9BX26 1530 aa45.98■■■■■ 4.95
HMGB1-205ENST00000399494 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP45.98■■■■■ 4.95
HMGB1-205ENST00000399494 STRCQ7RTU9 1775 aa45.98■■■■■ 4.95
HMGB1-205ENST00000399494 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa45.94■■■■■ 4.95
HMGB1-205ENST00000399494 CCNB3Q8WWL7 1395 aa45.94■■■■■ 4.94
HMGB1-205ENST00000399494 CNTLNQ9NXG0 1405 aa45.93■■■■■ 4.94
HMGB1-205ENST00000399494 MTUS2Q5JR59 1369 aa45.9■■■■■ 4.94
HMGB1-205ENST00000399494 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa45.88■■■■■ 4.94
HMGB1-205ENST00000399494 ATP7AQ04656 1500 aa45.82■■■■■ 4.93
HMGB1-205ENST00000399494 ZMYM3Q14202 1370 aa45.79■■■■■ 4.92
HMGB1-205ENST00000399494 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP45.78■■■■■ 4.92
HMGB1-205ENST00000399494 PTPRTO14522 1441 aa45.77■■■■■ 4.92
HMGB1-205ENST00000399494 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP45.77■■■■■ 4.92
HMGB1-205ENST00000399494 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP45.76■■■■■ 4.92
HMGB1-205ENST00000399494 A2MP01023 1474 aa45.75■■■■■ 4.91
HMGB1-205ENST00000399494 MROH2AA6NES4 1674 aa45.74■■■■■ 4.91
HMGB1-205ENST00000399494 NPATQ14207 1427 aa45.73■■■■■ 4.91
HMGB1-205ENST00000399494 PLXNC1O60486 1568 aa45.71■■■■■ 4.91
HMGB1-205ENST00000399494 TIAM1Q13009 1591 aa45.7■■■■■ 4.91
HMGB1-205ENST00000399494 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa45.67■■■■■ 4.9
HMGB1-205ENST00000399494 GGT6Q6P531 493 aa45.66■■■■■ 4.9
HMGB1-205ENST00000399494 MBD5Q9P267 1494 aa45.66■■■■■ 4.9
HMGB1-205ENST00000399494 NCOA1Q15788 1441 aa45.65■■■■■ 4.9
HMGB1-205ENST00000399494 CEP162Q5TB80 1403 aa45.65■■■■■ 4.9
HMGB1-205ENST00000399494 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP45.6■■■■■ 4.89
HMGB1-205ENST00000399494 PPP6R1Q9UPN7 881 aa45.59■■■■■ 4.89
HMGB1-205ENST00000399494 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa45.56■■■■■ 4.88
HMGB1-205ENST00000399494 ADGBQ8N7X0 1667 aa45.56■■■■■ 4.88
HMGB1-205ENST00000399494 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa45.55■■■■■ 4.88
HMGB1-205ENST00000399494 PTPRKQ15262 1439 aa45.53■■■■■ 4.88
HMGB1-205ENST00000399494 LTBP4Q8N2S1 1624 aa45.51■■■■■ 4.88
HMGB1-205ENST00000399494 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP45.49■■■■■ 4.87
HMGB1-205ENST00000399494 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa45.48■■■■■ 4.87
HMGB1-205ENST00000399494 NCOA2Q15596 1464 aa45.45■■■■■ 4.87
HMGB1-205ENST00000399494 RSPH4AQ5TD94 716 aa45.41■■■■■ 4.86
HMGB1-205ENST00000399494 MYO3AQ8NEV4 1616 aa45.4■■■■■ 4.86
HMGB1-205ENST00000399494 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP45.38■■■■■ 4.86
HMGB1-205ENST00000399494 PKD2Q13563 968 aa45.37■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa45.36■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 CCDC141Q6ZP82 1450 aa45.36■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP45.36■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 KIF3BO15066 747 aa45.35■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 PLA2R1Q13018 1463 aa45.35■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 IQSEC2Q5JU85 1478 aa45.32■■■■■ 4.85
HMGB1-205ENST00000399494 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP45.29■■■■■ 4.84
HMGB1-205ENST00000399494 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa45.28■■■■■ 4.84
HMGB1-205ENST00000399494 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP45.26■■■■■ 4.84
HMGB1-205ENST00000399494 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP45.25■■■■■ 4.83
HMGB1-205ENST00000399494 A2ML1A8K2U0 1454 aa45.23■■■■■ 4.83
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.2 ms