RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000338045.7

LIMS1-202, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,876 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-202ENST00000338045 PREX2Q70Z35 1606 aa22.98■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 TTC37Q6PGP7 1564 aa22.98■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 NAIPQ13075 1403 aa22.97■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 CLSPNQ9HAW4 1339 aa22.97■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa22.94■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 ROCK1Q13464 1354 aa22.94■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 WDR7Q9Y4E6 1490 aa22.94■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 GCC2Q8IWJ2 1684 aa22.91■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP22.91■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 MYO5CQ9NQX4 1742 aa22.9■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 KCNH8Q96L42 1107 aa22.9■■□□□ 1.26
LIMS1-202ENST00000338045 CHIC2Q9UKJ5 165 aa22.89■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 CROCC2H7BZ55 1655 aa22.88■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa22.88■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 ASXL2Q76L83 1435 aa22.88■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 PLCH2O75038 1416 aa22.87■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGEF5Q12774 1597 aa22.87■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa22.85■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGAP5Q13017 1502 aa22.85■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 ADGRL2O95490 1459 aa22.85■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 MBD5Q9P267 1494 aa22.85■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 SHANK2Q9UPX8 1470 aa22.85■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 ARAP3Q8WWN8 1544 aa22.84■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa22.84■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa22.84■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa22.84■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP22.83■■□□□ 1.25
LIMS1-202ENST00000338045 ABCA9Q8IUA7 1624 aa22.82■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 ADGBQ8N7X0 1667 aa22.82■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 NCOA1Q15788 1441 aa22.82■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 MAPKBP1O60336 1514 aa22.81■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa22.81■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa22.81■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 RSPH4AQ5TD94 716 aa22.8■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC141Q6ZP82 1450 aa22.78■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 KDM6BO15054 1643 aa22.78■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP22.77■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 C9orf84Q5VXU9 1444 aa22.77■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa22.77■■□□□ 1.24
LIMS1-202ENST00000338045 SYCP2Q9BX26 1530 aa22.76■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP22.76■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa22.76■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 TSPY4P0CV99 314 aa22.73■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 TSPY10P0CW01 314 aa22.73■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 CYB5RLQ6IPT4 315 aa22.73■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC1P33527 1531 aa22.72■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 MAST1Q9Y2H9 1570 aa22.71■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa22.71■■□□□ 1.23
LIMS1-202ENST00000338045 FANCAO15360 1455 aa22.67■■□□□ 1.22
LIMS1-202ENST00000338045 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa22.65■■□□□ 1.22
LIMS1-202ENST00000338045 KIF15Q9NS87 1388 aa22.63■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP22.63■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa22.62■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 PLXNC1O60486 1568 aa22.61■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 TRIM52Q96A61 297 aa22.61■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 CD109Q6YHK3 1445 aa22.6■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP22.6■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 MPHOSPH9Q99550 1183 aa22.58■■□□□ 1.21
LIMS1-202ENST00000338045 ADGRL1O94910 1474 aa22.56■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa22.55■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 GLI2P10070 1586 aa22.55■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 CFAP74Q9C0B2 1584 aa22.55■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 SIN3AQ96ST3 1273 aa22.55■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 PZPP20742 1482 aa22.54■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa22.54■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 SCAPERQ9BY12 1400 aa22.53■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 KDM5DQ9BY66 1539 aa22.52■■□□□ 1.2
LIMS1-202ENST00000338045 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 DUOX2Q9NRD8 1548 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 AFAP1Q8N556 730 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP22.5■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP22.49■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 NEO1Q92859 1461 aa22.48■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 ERBINQ96RT1 1412 aa22.48■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 NEUROD1Q13562 356 aa22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 DIP2BQ9P265 1576 aa22.46■■□□□ 1.19
LIMS1-202ENST00000338045 ATP7AQ04656 1500 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 UNC13BO14795 1591 aa22.44■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 NUP155O75694 1391 aa22.44■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 MYT1Q01538 1121 aa22.44■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 POGZQ7Z3K3 1410 aa22.43■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 KDM5CP41229 1560 aa22.42■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 MAGI2Q86UL8 1455 aa22.4■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 FOXD1Q16676 465 aa22.39■■□□□ 1.18
LIMS1-202ENST00000338045 FAM69CQ0P6D2 419 aa22.38■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 TONSLQ96HA7 1378 aa22.38■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 FAM135AQ9P2D6 1515 aa22.37■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa22.37■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 MLH3Q9UHC1 1453 aa22.37■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 PKD2Q13563 968 aa22.37■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP22.35■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 IQGAP3Q86VI3 1631 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP22.33■■□□□ 1.17
LIMS1-202ENST00000338045 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP22.33■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 HECW2Q9P2P5 1572 aa22.32■■□□□ 1.16
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