RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 ADGRL1O94910 1474 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.2■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-201ENST00000333496 SCAPERQ9BY12 1400 aa25.19■■□□□ 1.62
CLN3-201ENST00000333496 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-201ENST00000333496 TIAM1Q13009 1591 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-201ENST00000333496 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-201ENST00000333496 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-201ENST00000333496 POGZQ7Z3K3 1410 aa25.14■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 ABCC1P33527 1531 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 ITSN2Q9NZM3 1697 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-201ENST00000333496 CCNB3Q8WWL7 1395 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP25.07■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 MAP3K1Q13233 1512 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 YEATS2Q9ULM3 1422 aa25.06■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa25.06■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 KDM5CP41229 1560 aa25.06■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa25.05■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 MAGI2Q86UL8 1455 aa25.05■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa25.05■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 AFAP1Q8N556 730 aa25.04■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa25.03■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 NCOA2Q15596 1464 aa25.03■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa25.02■■□□□ 1.6
CLN3-201ENST00000333496 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP25.02■■□□□ 1.6
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CLN3-201ENST00000333496 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
CLN3-201ENST00000333496 HECW2Q9P2P5 1572 aa24.99■■□□□ 1.59
CLN3-201ENST00000333496 SYCP2Q9BX26 1530 aa24.99■■□□□ 1.59
CLN3-201ENST00000333496 BCORL1Q5H9F3 1711 aa24.97■■□□□ 1.59
CLN3-201ENST00000333496 ADAMTSL3P82987 1691 aa24.95■■□□□ 1.59
CLN3-201ENST00000333496 MLH3Q9UHC1 1453 aa24.95■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP24.94■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa24.94■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa24.94■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP24.94■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 ATP10AO60312 1499 aa24.92■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa24.92■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 ABCA6Q8N139 1617 aa24.92■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa24.92■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP24.92■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 C9orf84Q5VXU9 1444 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-201ENST00000333496 APLP2Q06481 763 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 MYT1LQ9UL68 1186 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 MBD5Q9P267 1494 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 MADDQ8WXG6 1647 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 REREQ9P2R6 1566 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP24.83■■□□□ 1.57
CLN3-201ENST00000333496 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP24.82■■□□□ 1.56
CLN3-201ENST00000333496 ATP7AQ04656 1500 aa24.82■■□□□ 1.56
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CLN3-201ENST00000333496 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa24.77■■□□□ 1.56
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CLN3-201ENST00000333496 ARHGEF5Q12774 1597 aa24.76■■□□□ 1.55
CLN3-201ENST00000333496 AGLP35573 1532 aa24.75■■□□□ 1.55
CLN3-201ENST00000333496 CCDC141Q6ZP82 1450 aa24.75■■□□□ 1.55
CLN3-201ENST00000333496 ADGBQ8N7X0 1667 aa24.72■■□□□ 1.55
CLN3-201ENST00000333496 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa24.71■■□□□ 1.55
CLN3-201ENST00000333496 RSPH4AQ5TD94 716 aa24.71■■□□□ 1.55
CLN3-201ENST00000333496 PLXNC1O60486 1568 aa24.7■■□□□ 1.54
CLN3-201ENST00000333496 PTPN23Q9H3S7 1636 aa24.69■■□□□ 1.54
CLN3-201ENST00000333496 A2MP01023 1474 aa24.68■■□□□ 1.54
CLN3-201ENST00000333496 FGD6Q6ZV73 1430 aa24.65■■□□□ 1.54
CLN3-201ENST00000333496 MAST1Q9Y2H9 1570 aa24.63■■□□□ 1.53
CLN3-201ENST00000333496 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP24.62■■□□□ 1.53
CLN3-201ENST00000333496 TSPY4P0CV99 314 aa24.61■■□□□ 1.53
CLN3-201ENST00000333496 TSPY10P0CW01 314 aa24.61■■□□□ 1.53
CLN3-201ENST00000333496 CROCC2H7BZ55 1655 aa24.6■■□□□ 1.53
CLN3-201ENST00000333496 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP24.58■■□□□ 1.53
CLN3-201ENST00000333496 PLPPR3Q6T4P5 718 aa24.57■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP24.57■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 C3P01024 1663 aa24.56■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 ABCC5O15440 1437 aa24.56■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP24.54■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP24.53■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 DAPK1P53355 1430 aa24.53■■□□□ 1.52
CLN3-201ENST00000333496 GGT6Q6P531 493 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 SHANK2Q9UPX8 1470 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 MROH2AA6NES4 1674 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP24.51■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 CNTLNQ9NXG0 1405 aa24.49■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP24.49■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP24.49■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 LMTK3Q96Q04 1460 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 KIF3BO15066 747 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-201ENST00000333496 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP24.45■■□□□ 1.5
CLN3-201ENST00000333496 PREX1Q8TCU6 1659 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-201ENST00000333496 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
CLN3-201ENST00000333496 PPP6R1Q9UPN7 881 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-201ENST00000333496 ZMYM3Q14202 1370 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-201ENST00000333496 DUOX2Q9NRD8 1548 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-201ENST00000333496 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP24.42■■□□□ 1.5
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