RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	KSS1	P14681	368 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	IDI1	P15496	288 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YSP3	P25036	478 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CAP1	P28495	268 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CCR4	P31384	837 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	VMA6	P32366	345 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TYE7	P33122	291 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PEX6	P33760	1030 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CCL1	P37366	393 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HIS2	P38635	335 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MSS4	P38994	779 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MTW1	P39731	289 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MNT3	P40549	630 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SAD1	P43589	448 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TOS3	P43637	560 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	IRC8	P47046	822 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ROM1	P53046	1155 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TUB4	P53378	473 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HXT15	P54854	567 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RPL6A	Q02326	176 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SSY1	Q03770	852 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	VTA1	Q06263	330 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PUN1	Q06991	263 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	IWR1	Q07532	353 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ATG34	Q12292	412 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SPE4	Q12455	300 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RAP1	P11938	827 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TOP3	P13099	656 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ATP12	P22135	325 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CTR86	P25355	563 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PMT2	P31382	759 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CYS4	P32582	507 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SSE2	P32590	693 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RRN3	P36070	627 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MAK5	P38112	773 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SOH1	P38633	127 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RIM4	P38741	713 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YDR089W	P38966	869 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HXT8	P40886	569 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YFR018C	P43599	363 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ULI1	P43604	169 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	COS5	P47187	383 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NUT1	P53114	1132 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RRT6	P53117	311 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YGR125W	P53273	1036 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RTS3	P53289	263 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NOP19	P53317	196 aa	Predicted RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	UBP16	Q02863	499 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	BNA7	Q04066	261 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YLR297W	Q05899	129 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	COS7	Q07788	383 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PUF3	Q07807	879 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.11	□□□□□ -1.75	not detected
VHS3	YOR054C	LOT6	Q07923	191 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	NGL1	Q08213	363 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	THI20	Q08224	551 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TY3A-G	Q12173	290 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TY3A-I	Q99219	290 aa		4.11	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MET6	P05694	767 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MIP1	P15801	1254 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MER1	P16523	270 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PHO81	P17442	1178 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CKA2	P19454	339 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SAR1	P20606	190 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RAM1	P22007	431 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CWH43	P25618	953 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PTC6	P25646	442 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GCD11	P32481	527 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	UGP1	P32861	499 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ANR2	P36090	516 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PET10	P36139	283 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	KTR4	P38131	464 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TIF11	P38912	153 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	UBP5	P39944	805 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GID8	P40208	455 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YRB2	P40517	327 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FIG4	P42837	879 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YJL049W	P47048	450 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RTT101	P47050	842 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	YJR107W	P47145	328 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PIP2	P52960	996 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MND1	P53102	219 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	EFM5	P53200	248 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FMP48	P53233	369 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	TWF1	P53250	332 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	RNH70	P53331	553 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SNF12	P53628	566 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	BIO4	P53630	237 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	ARC35	P53731	342 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PET117	Q02771	107 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	SPO20	Q04359	397 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	GAL83	Q04739	417 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	CRF1	Q04930	467 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	FEX1	Q08913	375 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PGC1	Q08959	321 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	THI21	Q08975	551 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	WRS1	Q12109	432 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	MCD1	Q12158	566 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	PSY3	Q12318	242 aa		4.1	□□□□□ -1.75
VHS3	YOR054C	HRT3	Q12347	344 aa		4.1	□□□□□ -1.75

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