RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	RPS3	P05750	240 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	PDC5	P16467	563 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SPO16	P17122	198 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	PEX3	P28795	441 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	DOM34	P33309	386 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	TRM2	P33753	639 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	UBP11	P36026	717 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	CUE2	P36075	443 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	STB6	P36085	766 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	UIP5	P36137	443 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MRPL17	P36528	281 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RDH54	P38086	958 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YBR225W	P38321	900 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	TSC10	P38342	320 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YHR219W	P38900	624 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SEO1	P39709	593 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	LCP5	P40079	357 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	PFK26	P40433	827 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YIL089W	P40500	205 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SNZ3	P43545	298 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ASE1	P50275	885 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	NUP84	P52891	726 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MET13	P53128	600 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YNR063W	P53749	607 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SNZ2	P53824	298 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ORC4	P54791	529 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SLT2	Q00772	484 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SKI8	Q02793	397 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ARX1	Q03862	593 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MLC2	Q06580	163 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RAX1	Q08760	435 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	TRE1	Q08919	783 aa		4.17	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	CCP1	P00431	361 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	DSF1	P0CX08	502 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YNR073C	P0CX09	502 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	OM45	P16547	393 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	CBF1	P17106	351 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SRP101	P32916	621 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RER2	P35196	286 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	LRG1	P35688	1017 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MYO3	P36006	1272 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RSM22	P36056	628 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YPK3	P38070	525 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	GOS1	P38736	223 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	CRG1	P38892	291 aa	RIP-Chip data	4.16	□□□□□ -1.74	not detected
VHS3	YOR054C	YHR218W	P38899	603 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	GEM1	P39722	662 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	STL1	P39932	569 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ALD5	P40047	520 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YTA6	P40328	754 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MID1	P41821	548 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ELP2	P42935	788 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	BRE2	P43132	505 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	BIR1	P47134	954 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	BPL1	P48445	690 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	STB4	P50104	949 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MAL11	P53048	616 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	NMA2	P53204	395 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YGR021W	P53212	290 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	DBP6	P53734	629 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	BSC5	P53755	489 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	IMP4	P53941	290 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	VAC7	P53950	1165 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SNZ1	Q03148	297 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RMT2	Q03305	412 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	GCN5	Q03330	439 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	CLU1	Q03690	1277 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	PRP42	Q03776	544 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SAS4	Q04003	481 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YCS4	Q06156	1176 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	JIP5	Q06214	492 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ASA1	Q06822	443 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YOR352W	Q08816	343 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	OXR1	Q08952	273 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ISU2	Q12056	156 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	HUA2	Q12134	243 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SSF2	Q12153	453 aa	Predicted RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	NSI1	Q12457	570 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ATG11	Q12527	1178 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ADF1	Q2V2Q1	113 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YBL111C	Q3E7Y5	667 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YLR462W	O13556	202 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	GPM1	P00950	247 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ARG82	P07250	355 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MRPL33	P20084	86 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	VPS33	P20795	691 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	VPS34	P22543	875 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RAD14	P28519	371 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	SBA1	P28707	216 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	NUD1	P32336	851 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	IRE1	P32361	1115 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RPT3	P33298	428 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	RPT1	P33299	467 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MIA40	P36046	403 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	MET1	P36150	593 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	ECM31	P38122	312 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	BSD2	P38356	321 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YHL049C	P38722	271 aa		4.16	□□□□□ -1.74
VHS3	YOR054C	YEL075C	P39972	122 aa		4.16	□□□□□ -1.74

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