RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000359947.8

PTPRF-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 7,727 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-201ENST00000359947 HTTP42858 3142 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRF-201ENST00000359947 SPANXA2-OT1Q8N9U9 137 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRF-201ENST00000359947 S4R3F8 94 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 NBEAL1Q6ZS30 2694 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 FAM229BQ4G0N7 80 aa9.58□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 HRES1P13985 223 aa9.57□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 TRIOO75962 3097 aa9.57□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 KRTAP10-2P60368 255 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 KRTAP1-5Q9BYS1 174 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 Q1T7F1 81 aa9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 CELSR3Q9NYQ7 3312 aa9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 LCE6AA0A183 80 aa9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 ZCCHC13Q8WW36 166 aaKnown RBP9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 WIPF1O43516 503 aa9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 KRTAP10-1P60331 282 aa9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 CSAG1Q6PB30 78 aa9.54□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 BAHCC1Q9P281 2608 aa9.53□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 UNC79Q9P2D8 2635 aa9.53□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 A0A1B0GU33 70 aa9.53□□□□□ -0.88
PTPRF-201ENST00000359947 CHD9Q3L8U1 2897 aa9.52□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 COL6A5A8TX70 2615 aa9.52□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 UNC80Q8N2C7 3258 aa9.51□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 CDH23Q9H251 3354 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 SEC61BP60468 96 aaKnown RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 Q8N9P0 234 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 MAP1AP78559 2803 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 Q8NDZ9 215 aa9.48□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 LINC00483Q53H64 154 aa9.47□□□□□ -0.89
PTPRF-201ENST00000359947 SPINK7P58062 85 aa9.46□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 OCR1Q9BZK8 76 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 FRYQ5TBA9 3013 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 R4GN34 69 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 DSPP15924 2871 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 FREM2Q5SZK8 3169 aa9.43□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 MMP24-AS1A0A0U1RRL7 71 aa9.41□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 VPS13AQ96RL7 3174 aa9.41□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP9.4□□□□□ -0.9
PTPRF-201ENST00000359947 Q5W150 140 aa9.38□□□□□ -0.91
PTPRF-201ENST00000359947 NOTCH1P46531 2555 aa9.37□□□□□ -0.91
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF292O60281 2723 aa9.35□□□□□ -0.91
PTPRF-201ENST00000359947 SPRR1AP35321 89 aa9.34□□□□□ -0.91
PTPRF-201ENST00000359947 Q75L30 129 aa9.34□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 TRANK1O15050 2925 aa9.33□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 PRAC1Q96KF2 57 aa9.33□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 H3BS24 57 aa9.32□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 NBEAL2Q6ZNJ1 2754 aa9.3□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 PANO1I0J062 215 aa9.3□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 DMAC1Q96GE9 116 aa9.29□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 DNAH14Q0VDD8 3507 aa9.28□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 LINC00472Q9H8W2 130 aa9.28□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 DMBT1Q9UGM3 2413 aaPredicted RBP9.28□□□□□ -0.92
PTPRF-201ENST00000359947 M0QZ58 72 aa9.26□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 REV3LO60673 3130 aa9.26□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 ITPR2Q14571 2701 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 A0A0A0MQY5 61 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 CRYBG3Q68DQ2 2970 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 KRTAP26-1Q6PEX3 210 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 IGSF10Q6WRI0 2623 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 STAB2Q8WWQ8 2551 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 OXTP01178 125 aa9.21□□□□□ -0.93
PTPRF-201ENST00000359947 PLAC4Q8WY50 150 aa9.21□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 SPRR1BP22528 89 aa9.2□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 UBR5O95071 2799 aaPredicted RBP9.2□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 A0A087X002 238 aa9.2□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 LINC01558Q9Y6Z2 57 aa9.19□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 SZT2Q5T011 3432 aa9.18□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 ADM2Q7Z4H4 148 aa9.17□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 Q5XG85 94 aa9.17□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 CYSTM1Q9H1C7 97 aa9.15□□□□□ -0.94
PTPRF-201ENST00000359947 VCANP13611 3396 aa9.15□□□□□ -0.95
PTPRF-201ENST00000359947 Q5VV11 94 aa9.14□□□□□ -0.95
PTPRF-201ENST00000359947 FP248Q71RG6 208 aaPredicted RBP9.14□□□□□ -0.95
PTPRF-201ENST00000359947 Q6ZR54 194 aa9.14□□□□□ -0.95
PTPRF-201ENST00000359947 DMXL2Q8TDJ6 3036 aa9.12□□□□□ -0.95
PTPRF-201ENST00000359947 COL6A3P12111 3177 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRF-201ENST00000359947 KALRNO60229 2985 aa9.08□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 FRYLO94915 3013 aa9.08□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 TACC2O95359 2948 aa9.07□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 LAMA1P25391 3075 aa9.07□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 CFAP47Q6ZTR5 3102 aa9.06□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 SPATA8Q6RVD6 105 aa9.06□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 RPL37P61927 97 aaKnown RBP9.05□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 ROMO1P60602 79 aa9.03□□□□□ -0.96
PTPRF-201ENST00000359947 H1FX-AS1Q4G0G2 97 aa9.01□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 NSD1Q96L73 2696 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 ITPR1Q14643 2758 aa9□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 BOD1L1Q8NFC6 3051 aa8.99□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 KRTAP11-1Q8IUC1 163 aa8.99□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 LRBAP50851 2863 aa8.99□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 NOTCH2NLQ7Z3S9 236 aa8.98□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 SPEGQ15772 3267 aa8.97□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 COL12A1Q99715 3063 aa8.97□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 ATMQ13315 3056 aa8.96□□□□□ -0.97
PTPRF-201ENST00000359947 UTP20O75691 2785 aaKnown RBP8.96□□□□□ -0.98
PTPRF-201ENST00000359947 KRTAP4-16G5E9R7 235 aaPredicted RBP8.95□□□□□ -0.98
PTPRF-201ENST00000359947 ASH1LQ9NR48 2969 aaKnown RBP8.94□□□□□ -0.98
PTPRF-201ENST00000359947 APCP25054 2843 aa8.9□□□□□ -0.98
PTPRF-201ENST00000359947 Q6ZRN7 208 aaPredicted RBP8.89□□□□□ -0.99
PTPRF-201ENST00000359947 USP34Q70CQ2 3546 aa8.89□□□□□ -0.99
PTPRF-201ENST00000359947 HIVEP1P15822 2718 aa8.88□□□□□ -0.99
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.4 ms