RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000554785.1

PRPF39-208, Transcript of pre-mRNA processing factor 39, human

TSL 2

Gene PRPF39, Length 2,121 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PRPF39-208	ENST00000554785	SLC39A7	Q92504	469 aa		5.09	□□□□□ -1.59
PRPF39-208	ENST00000554785	ST18	O60284	1047 aa		5.09	□□□□□ -1.59
PRPF39-208	ENST00000554785	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		5.08	□□□□□ -1.6
PRPF39-208	ENST00000554785	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
PRPF39-208	ENST00000554785	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		5.02	□□□□□ -1.61
PRPF39-208	ENST00000554785	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PRPF39-208	ENST00000554785	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	5	□□□□□ -1.61
PRPF39-208	ENST00000554785	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	4.99	□□□□□ -1.61
PRPF39-208	ENST00000554785	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	4.97	□□□□□ -1.61
PRPF39-208	ENST00000554785	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	PROM2	Q8N271	834 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	CREBZF	Q9NS37	354 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	ATMIN	O43313	823 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	FKBP8	Q14318	412 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PRPF39-208	ENST00000554785	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PRPF39-208	ENST00000554785	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRPF39-208	ENST00000554785	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PRPF39-208	ENST00000554785	PLEKHG5	O94827	1062 aa		4.84	□□□□□ -1.64
PRPF39-208	ENST00000554785	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.64
PRPF39-208	ENST00000554785	MARVELD3	Q96A59	401 aa		4.84	□□□□□ -1.64
PRPF39-208	ENST00000554785	POTEF	A5A3E0	1075 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PRPF39-208	ENST00000554785	SNPH	O15079	494 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PRPF39-208	ENST00000554785	PHF12	Q96QT6	1004 aa		4.81	□□□□□ -1.64
PRPF39-208	ENST00000554785	MIER1	Q8N108	512 aa		4.77	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		4.77	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	MS4A3	Q96HJ5	214 aa		4.76	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		4.76	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	TIE1	P35590	1138 aa		4.76	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	EMP3	P54852	163 aa		4.75	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	HS3ST6	Q96QI5	342 aa		4.75	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		4.73	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	KIF12	Q96FN5	646 aa		4.73	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	IER5L	Q5T953	404 aa		4.73	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	POTEB3	A0JP26	581 aa		4.72	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	POTEB	Q6S5H4	581 aa		4.72	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	RASEF	Q8IZ41	740 aa		4.72	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	PLA2G2E	Q9NZK7	142 aa		4.72	□□□□□ -1.65
PRPF39-208	ENST00000554785	IRX2	Q9BZI1	471 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	SEC24B	O95487	1268 aa		4.7	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	FBXO3	Q9UK99	471 aa		4.7	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	VASP	P50552	380 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	NUBP1	P53384	320 aa		4.69	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	FAM205C	A6NFA0	338 aa		4.69	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	MAP3K13	O43283	966 aa		4.66	□□□□□ -1.66
PRPF39-208	ENST00000554785	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		4.65	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	PTGER2	P43116	358 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	TRPC6	Q9Y210	931 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	RGS20	O76081	388 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	FAM212A	Q96EL1	285 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	PCDHB13	Q9Y5F0	798 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	KLHL34	Q8N239	644 aa		4.63	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	PLCG2	P16885	1265 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	PYGB	P11216	843 aa		4.6	□□□□□ -1.67
PRPF39-208	ENST00000554785	IFNL1	Q8IU54	200 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	OCEL1	Q9H607	264 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	SPOCK2	Q92563	424 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	EIF2AK3	Q9NZJ5	1116 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	GSE1	Q14687	1217 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PRPF39-208	ENST00000554785	CHRM1	P11229	460 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785	GOLGA2	Q08379	1002 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785		Q6ZNB5	142 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785	HCST	Q9UBK5	93 aa		4.48	□□□□□ -1.69
PRPF39-208	ENST00000554785		G3V3G9	751 aa		4.46	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	PSEN1	P49768	467 aa		4.46	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	PKD2	Q13563	968 aa		4.45	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	PDCD7	Q8N8D1	485 aa	Known RBP	4.44	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	PDAP1	Q13442	181 aa	Known RBP	4.43	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	XP32	Q5T750	250 aa		4.43	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	4.43	□□□□□ -1.7	2e-7	■■■■□ 20.6
PRPF39-208	ENST00000554785	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	4.43	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	ERBB3	P21860	1342 aa		4.42	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	TRIM41	Q8WV44	630 aa		4.42	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	CABP2	Q9NPB3	220 aa		4.42	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	RIMBP2	O15034	1052 aa		4.42	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	4.41	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	DOK7	Q18PE1	504 aa		4.41	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	4.4	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	RGL2	O15211	777 aa		4.4	□□□□□ -1.7
PRPF39-208	ENST00000554785	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		4.4	□□□□□ -1.7

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