RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621870.4

GGA3-223, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 1 (best)

Gene GGA3, Length 4,034 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-223	ENST00000621870	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ADGRL2	O95490	1459 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	RLBP1	P12271	317 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PDE4B	Q07343	736 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ODF2	Q5BJF6	829 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	FAM182B	Q5T319	152 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	VEZT	Q9HBM0	779 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PICALM	Q13492	652 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MBD5	Q9P267	1494 aa		10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SMC2	O95347	1197 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	C8orf76	Q96K31	380 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TMEM67	Q5HYA8	995 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CATIP	Q7Z7H3	387 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CFAP45	Q9UL16	551 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ZFYVE9	O95405	1425 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		10.82	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	BAG6	P46379	1132 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PDE1A	P54750	535 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MAGEC2	Q9UBF1	373 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TIMM10	P62072	90 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TNMD	Q9H2S6	317 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	USP16	Q9Y5T5	823 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	FILIP1L	Q4L180	1135 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SDS	P20132	328 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		10.81	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TSPOAP1	O95153	1857 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	STIM1	Q13586	685 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MPND	Q8N594	471 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CHL1	O00533	1208 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	NLRP5	P59047	1200 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TTC22	Q5TAA0	569 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TANGO6	Q9C0B7	1094 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	KAT14	Q9H8E8	782 aa		10.8	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ZFY	P08048	801 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PAF1	Q8N7H5	531 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	NEK1	Q96PY6	1258 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	KIAA0232	Q92628	1395 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SAMD9	Q5K651	1589 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	GSTO1	P78417	241 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	BRF1	Q92994	677 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PTPRT	O14522	1441 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SERPINC1	P01008	464 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TFCP2	Q12800	502 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PARP10	Q53GL7	1025 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	NCOA7	Q8NI08	942 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		10.79	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PIK3C2G	O75747	1445 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	MSL1	Q68DK7	614 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC70	Q6NSX1	233 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CEP85	Q6P2H3	762 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	CUL5	Q93034	780 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	EYA3	Q99504	573 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	KCNQ3	O43525	872 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	GOLGA6L1	Q8N7Z2	621 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	SCLT1	Q96NL6	688 aa		10.78	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	UFL1	O94874	794 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	ITGA6	P23229	1130 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	KIF5B	P33176	963 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	TNIP1	Q15025	636 aa		10.77	□□□□□ -0.68
GGA3-223	ENST00000621870	PKNOX2	Q96KN3	472 aa		10.77	□□□□□ -0.68

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