RNA–Protein interactions for RNA: YJL029C

VPS53, Transcript of Component of the GARP (Golgi-associated retrograde protein) complex, yeast

Gene VPS53, Length 2,469 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VPS53	YJL029C	NBL1	Q3E7Y6	73 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	FOB1	O13329	566 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SRD1	P09007	221 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	RPL19A	P0CX82	189 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	RPL19B	P0CX83	189 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	BUD16	P39988	312 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	THI6	P41835	540 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	CIT3	P43635	486 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	ISM1	P48526	1002 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	YGR130C	P53278	816 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SEC5	P89102	971 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SMD2	Q06217	110 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	YOR296W	Q08748	1289 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	OXR1	Q08952	273 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	MSD1	P15179	658 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SYN8	P31377	255 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	VPS35	P34110	944 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	ORC6	P38826	435 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	DAK2	P43550	591 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	EPL1	P43572	832 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	CSN12	P47130	423 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	YGR153W	P48238	217 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	COQ9	Q05779	260 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	ILV1	P00927	576 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	RPL22A	P05749	121 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SPT2	P06843	333 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	CDC6	P09119	513 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	RPC31	P17890	251 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	ADE2	P21264	571 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	GSY1	P23337	708 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	TVP23	P38962	199 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SLX8	P40072	274 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	BFA1	P47113	574 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	GIS4	Q04233	774 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SMC6	Q12749	1114 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	HCA4	P20448	770 aa	Known RBP	3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	MRPL7	P36519	292 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	RFT1	P38206	574 aa	Predicted RBP	3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SLX1	P38324	304 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	CTR1	P49573	406 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	CTF18	P49956	741 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SHE10	P53075	577 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	AIM33	Q04516	312 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	ECM7	Q06200	448 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	GPI13	Q07830	1017 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	DCS2	Q12123	353 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	AMS1	P22855	1083 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	COT1	P32798	439 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	STB5	P38699	743 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	MMF1	P40185	145 aa	Known RBP	3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	MET13	P53128	600 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	CAF130	P53280	1122 aa	Predicted RBP	3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	TRS120	Q04183	1289 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	SVF1	Q05515	481 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	PCD1	Q12524	340 aa		3.97	□□□□□ -1.77
VPS53	YJL029C	DED1	P06634	604 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	EAF5	P39995	279 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	BRE2	P43132	505 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	PEX14	P53112	341 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	HEH2	Q03281	663 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	HSP82	P02829	709 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	WHI2	P12611	486 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	BMH1	P29311	267 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	TMT1	P32643	299 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	OPT1	P40897	799 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	CUE3	P53137	624 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	YNR014W	P53719	212 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	YLR455W	Q06188	304 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	YDR461C-A	Q2V2P7	80 aa		3.96	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	TAO3	P40468	2376 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	PCK1	P10963	549 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	FRS2	P15625	503 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	RGR1	P19263	1082 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	VPS1	P21576	704 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	RPC53	P25441	422 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	GBP2	P25555	427 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.95	□□□□□ -1.78	not detected
VPS53	YJL029C	ATG19	P35193	415 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	MRX3	P38172	270 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	RFC5	P38251	354 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	SAF1	P38352	637 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	ESL1	P40456	1118 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	HYR1	P40581	163 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	GCV2	P49095	1034 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	PIL1	P53252	339 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	CBK1	P53894	756 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	YNL134C	P53912	376 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	NCS2	P53923	493 aa	Predicted RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	MUK1	Q02866	612 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	MAG2	Q06436	670 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	SDH5	Q08230	162 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	CPA2	P03965	1118 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	SKG6	P32900	734 aa	Predicted RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	RPT1	P33299	467 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	DID4	P36108	232 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	APN2	P38207	520 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	SIP3	P38717	1229 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	RPN3	P40016	523 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	OYE3	P41816	400 aa	Predicted RBP	3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	VTC2	P43585	828 aa		3.95	□□□□□ -1.78
VPS53	YJL029C	YJL045W	P47052	634 aa		3.95	□□□□□ -1.78

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