Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS39Q96JC1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS39Q96JC1 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS39Q96JC1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms