Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 LINC01194-202ENST00000505877 1319 ntTSL 1 (best) BASIC8.39□□□□□ -1.075e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 KDM5A-201ENST00000399788 10763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.29□□□□□ -1.085e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ZNF33B-202ENST00000462075 567 ntTSL 37.93□□□□□ -1.145e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PFDN4-202ENST00000441080 579 ntTSL 57.66□□□□□ -1.185e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 RICTOR-209ENST00000514735 686 ntTSL 37.42□□□□□ -1.225e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-211ENST00000468735 7964 ntTSL 27.38□□□□□ -1.235e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-204ENST00000454792 884 ntTSL 2 BASIC7.08□□□□□ -1.285e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ADK-201ENST00000286621 1169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.79□□□□□ -1.325e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 KDM5A-207ENST00000540838 456 ntTSL 26.76□□□□□ -1.335e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ZNF33B-201ENST00000359467 5958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.62□□□□□ -1.355e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-213ENST00000472258 576 ntTSL 26.43□□□□□ -1.385e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 TRIM33-206ENST00000492227 355 ntTSL 26.04□□□□□ -1.445e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 OFD1-205ENST00000464463 812 ntTSL 35.88□□□□□ -1.475e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 RICTOR-208ENST00000513566 1762 ntTSL 1 (best)5.7□□□□□ -1.55e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 ZNF33B-208ENST00000613419 5843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.535e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 PYM1-205ENST00000547925 499 ntTSL 3 BASIC4.87□□□□□ -1.635e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-219ENST00000617821 7319 ntTSL 5 BASIC3.92□□□□□ -1.785e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-202ENST00000429888 7325 ntTSL 53.86□□□□□ -1.795e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-217ENST00000498730 4912 ntTSL 23.82□□□□□ -1.85e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 RICTOR-201ENST00000296782 7505 ntTSL 1 (best) BASIC3.04□□□□□ -1.925e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 RICTOR-207ENST00000511516 7312 ntTSL 1 (best)2.62□□□□□ -1.995e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NKTR-209ENST00000465584 3839 ntTSL 22.24□□□□□ -2.055e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 RICTOR-202ENST00000357387 9543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.96□□□□□ -2.15e-6■■■■□ 22.5
CPSF6Q16630 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.181e-8■■■■□ 22.4
CPSF6Q16630 NOP58-206ENST00000478508 599 ntTSL 27.23□□□□□ -1.251e-8■■■■□ 22.4
CPSF6Q16630 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.793e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.583e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.173e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-208ENST00000529404 2379 ntTSL 214.79□□□□□ -0.043e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-211ENST00000533676 5314 ntTSL 214.72□□□□□ -0.053e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-210ENST00000531956 841 ntTSL 514.35□□□□□ -0.113e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-206ENST00000527379 768 ntTSL 314.21□□□□□ -0.133e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 AC005394.2-201ENST00000592347 3113 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.253e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 FADS3-212ENST00000534223 800 ntTSL 511.71□□□□□ -0.533e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 AC005394.1-201ENST00000589999 1269 ntTSL 1 (best) BASIC9.68□□□□□ -0.863e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 CPED1-206ENST00000450913 2501 ntTSL 1 (best) BASIC6.61□□□□□ -1.354e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 CPED1-201ENST00000310396 5340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.48□□□□□ -1.374e-6■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.12e-8■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 CCNF-201ENST00000293968 4173 ntTSL 1 (best)14.44□□□□□ -0.12e-8■■■■□ 22.2
CPSF6Q16630 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.132e-6■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.92e-6■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 PSIP1-204ENST00000380738 3364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.152e-6■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 PSIP1-203ENST00000380733 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.22e-6■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 PSIP1-205ENST00000397519 1664 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.592e-6■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.472e-8■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.462e-8■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 ANKRD10-211ENST00000603993 704 ntTSL 210.33□□□□□ -0.762e-8■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 ANKRD10-209ENST00000489973 745 ntTSL 38.4□□□□□ -1.062e-8■■■■□ 22.1
CPSF6Q16630 PPP1R12C-203ENST00000586197 472 ntTSL 513.96□□□□□ -0.171e-10■■■■□ 21.9
CPSF6Q16630 UBAP2L-207ENST00000428931 3988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.59□□□□□ -0.715e-6■■■■□ 21.9
CPSF6Q16630 UBAP2L-201ENST00000271877 3997 ntTSL 5 BASIC9.81□□□□□ -0.845e-6■■■■□ 21.9
CPSF6Q16630 GPATCH4-201ENST00000368232 1972 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.82e-8■■■■□ 21.8
CPSF6Q16630 IWS1-201ENST00000295321 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.34e-6■■■■□ 21.7
CPSF6Q16630 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.354e-7■■■■□ 21.4
CPSF6Q16630 RABL6-210ENST00000484471 2746 ntTSL 519.1■□□□□ 0.654e-7■■■■□ 21.4
CPSF6Q16630 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.394e-7■■■■□ 21.4
CPSF6Q16630 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.314e-7■■■■□ 21.4
CPSF6Q16630 RABL6-208ENST00000464941 3361 ntTSL 216.68■□□□□ 0.264e-7■■■■□ 21.4
CPSF6Q16630 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.055e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.015e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.125e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.265e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 FAM172A-201ENST00000395965 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.03□□□□□ -0.85e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 FAM172A-202ENST00000502503 1392 ntTSL 28.95□□□□□ -0.985e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 UBAP2L-208ENST00000433615 1789 ntTSL 1 (best)8.42□□□□□ -1.065e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 UBAP2L-203ENST00000361546 3864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.48□□□□□ -1.215e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 NPM1P27-201ENST00000502784 830 ntBASIC6.36□□□□□ -1.395e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 UBAP2L-218ENST00000493867 677 ntTSL 35.94□□□□□ -1.465e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 KIF21A-210ENST00000551264 3161 ntTSL 25.61□□□□□ -1.515e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 KIF21A-207ENST00000547733 3535 ntTSL 25.16□□□□□ -1.585e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 KIF21A-213ENST00000552961 4120 ntTSL 1 (best)4.19□□□□□ -1.745e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 KIF21A-214ENST00000636569 6157 ntTSL 53.45□□□□□ -1.865e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.414e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 CHD2-218ENST00000629346 1249 ntTSL 5 BASIC10.58□□□□□ -0.724e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 CHD2-206ENST00000625990 888 ntTSL 58.22□□□□□ -1.094e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 AC013394.1-202ENST00000630790 4499 ntTSL 28.13□□□□□ -1.114e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 CHD2-212ENST00000627622 1740 ntTSL 2 BASIC7.86□□□□□ -1.154e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 CHD2-215ENST00000628375 3202 ntTSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.464e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 CHD2-202ENST00000420239 2221 ntTSL 1 (best) BASIC5.75□□□□□ -1.494e-7■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.343e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 AL049844.3-201ENST00000454207 1496 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.04□□□□□ -1.283e-6■■■■□ 21.2
CPSF6Q16630 HSPA14-201ENST00000378372 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.754e-9■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 HSPA14-203ENST00000441647 578 ntTSL 39.93□□□□□ -0.824e-9■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-226ENST00000494621 871 ntTSL 317.1■□□□□ 0.333e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-206ENST00000437658 931 ntTSL 215.51■□□□□ 0.073e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-213ENST00000466330 746 ntTSL 313.83□□□□□ -0.23e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-216ENST00000475743 590 ntTSL 413.39□□□□□ -0.273e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-212ENST00000464375 626 ntTSL 313.37□□□□□ -0.273e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-214ENST00000466975 560 ntTSL 412.38□□□□□ -0.433e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-205ENST00000417778 760 ntTSL 312.22□□□□□ -0.453e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-209ENST00000455226 585 ntTSL 410.99□□□□□ -0.653e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-204ENST00000410075 3518 ntTSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.663e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-207ENST00000454122 731 ntTSL 310.38□□□□□ -0.753e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-208ENST00000454278 595 ntTSL 49.9□□□□□ -0.823e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-220ENST00000487707 592 ntTSL 39.14□□□□□ -0.953e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-201ENST00000264447 6505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.08□□□□□ -1.443e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 ZNF638-203ENST00000409544 6821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.87□□□□□ -1.793e-6■■■■□ 21.1
CPSF6Q16630 HSP90AA1-204ENST00000554401 1710 ntTSL 1 (best)8.26□□□□□ -1.092e-18■■■■□ 21
CPSF6Q16630 FUBP1-208ENST00000483894 605 ntTSL 27.23□□□□□ -1.253e-17■■■■□ 21
CPSF6Q16630 FUBP1-206ENST00000474632 639 ntTSL 27.06□□□□□ -1.283e-17■■■■□ 21
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