Protein–RNA interactions for Protein: Q12071

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, yeastyeast

Predictions only

Length 889 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
VPS54Q12071 tV(UAC)BtV(UAC)B 74 nt1.18□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 tV(UAC)DtV(UAC)D 74 nt1.18□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 YAR053WYAR053W 297 nt1.18□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 YPR170W-AYPR170W-A 186 nt1.18□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 MDS3YGL197W 4464 nt1.17□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 YDR426CYDR426C 378 nt1.17□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 MAM33YIL070C 801 nt1.17□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 YJR029WYJR029W 5268 nt1.17□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 YPR137C-BYPR137C-B 5268 nt1.17□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 SLD3YGL113W 2007 nt1.16□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 CSN9YDR179C 489 nt1.16□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 FIG4YNL325C 2640 nt1.16□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 STO1YMR125W 2586 nt1.15□□□□□ -2.22
VPS54Q12071 CUL3YGR003W 2235 nt1.15□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 GPG1YGL121C 381 nt1.15□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YHL042WYHL042W 453 nt1.15□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YBR200W-AYBR200W-A 165 nt1.15□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YDL206WYDL206W 2289 nt1.14□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 BIL1YOR304C-A 231 nt1.14□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 PKH2YOL100W 3246 nt1.13□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YAR009CYAR009C 3591 nt1.12□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 PTP2YOR208W 2253 nt1.12□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 VAM6YDL077C 3150 nt1.12□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YJR011CYJR011C 786 nt1.12□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 APL1YJR005W 2103 nt1.12□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YDR521WYDR521W 336 nt1.11□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YHL046W-AYHL046W-A 327 nt1.11□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 RPL34BYIL052C 366 nt1.11□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YLL007CYLL007C 1998 nt1.1□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 KAP120YPL125W 3099 nt1.1□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 DOP1YDR141C 5097 nt1.1□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 tW(UCA)QtW(UCA)Q 74 nt1.1□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YLR334CYLR334C 381 nt1.1□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 BEM2YER155C 6504 nt1.09□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 RPL35AYDL191W 363 nt1.09□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YHR007C-AYHR007C-A 216 nt1.09□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YBL008W-AYBL008W-A 240 nt1.09□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 YOR029WYOR029W 336 nt1.09□□□□□ -2.23
VPS54Q12071 OST1YJL002C 1431 nt1.08□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 SPT7YBR081C 3999 nt1.08□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 HTB2YBL002W 396 nt1.08□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 BUD3YCL014W 4911 nt1.08□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 WAR1YML076C 2835 nt1.06□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 STF2YGR008C 255 nt1.06□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 PRP16YKR086W 3216 nt1.05□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 HMRA1YCR097W 381 nt1.05□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 HUG1YML058W-A 207 nt1.05□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 YPR016W-AYPR016W-A 261 nt1.05□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 SCC2YDR180W 4482 nt1.04□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 TAR1YLR154W-C 375 nt1.04□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 YBR206WYBR206W 324 nt1.04□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 YCK3YER123W 1575 nt1.04□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 YAR029WYAR029W 225 nt1.03□□□□□ -2.24
VPS54Q12071 snR56snR56 88 nt1.02□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 HMRA2YCR096C 360 nt1.02□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 ATP6Q0085 780 nt1.02□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 MYO1YHR023W 5787 nt1.02□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 EMT1tM(CAU)D 73 nt1.01□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 EMT5tM(CAU)J1 73 nt1.01□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 EMT3tM(CAU)J2 73 nt1.01□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 EMT4tM(CAU)M 73 nt1.01□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 EMT2tM(CAU)O2 73 nt1.01□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YDL073WYDL073W 2955 nt1.01□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 GIM4YEL003W 336 nt1□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YPR197CYPR197C 564 nt1□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YPR117WYPR117W 7470 nt1□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 ISD11YER048W-A 285 nt0.99□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 tR(ACG)Q2tR(ACG)Q2 74 nt0.99□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YHR175W-AYHR175W-A 150 nt0.99□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YJL120WYJL120W 324 nt0.99□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YDL196WYDL196W 330 nt0.98□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YBR064WYBR064W 429 nt0.98□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 YDR102CYDR102C 333 nt0.97□□□□□ -2.25
VPS54Q12071 RPS25BYLR333C 327 nt0.96□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YAF9YNL107W 681 nt0.95□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YPL038W-AYPL038W-A 192 nt0.95□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YDR048CYDR048C 315 nt0.94□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YMR321CYMR321C 318 nt0.94□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 PAU24YBR301W 363 nt0.94□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 SMC1YFL008W 3678 nt0.94□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 HTL1YCR020W-B 237 nt0.93□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YOR282WYOR282W 321 nt0.93□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 SPO21YOL091W 1830 nt0.92□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YDL240C-AYDL240C-A 138 nt0.92□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YDR183C-AYDR183C-A 258 nt0.92□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 OLI1Q0130 231 nt0.92□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 PMP1YCR024C-A 123 nt0.91□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YPL225WYPL225W 441 nt0.91□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 NOP9YJL010C 2001 nt0.91□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 DBP6YNR038W 1890 nt0.9□□□□□ -2.26
VPS54Q12071 YOR011W-AYOR011W-A 207 nt0.9□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 YPL044CYPL044C 549 nt0.9□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 SSS1YDR086C 243 nt0.89□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 ALG13YGL047W 609 nt0.89□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 YIL115W-AYIL115W-A 372 nt0.89□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 RPS30BYOR182C 192 nt0.89□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 UBP3YER151C 2739 nt0.88□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 PAA1YDR071C 576 nt0.88□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 YIL142C-AYIL142C-A 333 nt0.88□□□□□ -2.27
VPS54Q12071 PAM16YJL104W 450 nt0.88□□□□□ -2.27
Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 70 ms