Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COPB1P53618 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COPB1P53618 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COPB1P53618 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COPB1P53618 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COPB1P53618 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COPB1P53618 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COPB1P53618 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COPB1P53618 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COPB1P53618 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COPB1P53618 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms