Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	PEX2	YJL210W	816 nt		11.1	□□□□□ -0.63
SHP1	P34223	UTH1	YKR042W	1098 nt		11.1	□□□□□ -0.63
SHP1	P34223	STR3	YGL184C	1398 nt		11.08	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	RDN18-1	RDN18-1	1800 nt		11.08	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	RDN18-2	RDN18-2	1800 nt		11.08	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	YGR012W	YGR012W	1182 nt		11.07	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	PRO1	YDR300C	1287 nt		11.04	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	TSC10	YBR265W	963 nt		11.04	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	RIB3	YDR487C	627 nt		11.03	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	DUS1	YML080W	1272 nt		11.03	□□□□□ -0.64
SHP1	P34223	AQY2	YLL052C	450 nt		11.02	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	TIF6	YPR016C	738 nt		11.02	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	NRT1	YOR071C	1797 nt		11.02	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	YLR349W	YLR349W	507 nt		11.01	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	YML089C	YML089C	369 nt		11	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	LSC2	YGR244C	1284 nt		10.99	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	YLR279W	YLR279W	390 nt		10.99	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	YNR029C	YNR029C	1290 nt		10.98	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	STE4	YOR212W	1272 nt		10.98	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	MET28	YIR017C	564 nt		10.96	□□□□□ -0.65
SHP1	P34223	MSB4	YOL112W	1479 nt		10.95	□□□□□ -0.66
SHP1	P34223	ATG15	YCR068W	1563 nt		10.94	□□□□□ -0.66
SHP1	P34223	YCL074W	YCL074W	927 nt		10.94	□□□□□ -0.66
SHP1	P34223	FUN14	YAL008W	597 nt		10.92	□□□□□ -0.66
SHP1	P34223	RPM1	RPM1	483 nt		10.92	□□□□□ -0.66
SHP1	P34223	ARP6	YLR085C	1317 nt		10.91	□□□□□ -0.66
SHP1	P34223	YJL195C	YJL195C	702 nt		10.89	□□□□□ -0.67
SHP1	P34223	ADH1	YOL086C	1047 nt		10.88	□□□□□ -0.67
SHP1	P34223	GAP1	YKR039W	1809 nt		10.85	□□□□□ -0.67
SHP1	P34223	ADH7	YCR105W	1086 nt		10.84	□□□□□ -0.67
SHP1	P34223	FIT3	YOR383C	615 nt		10.84	□□□□□ -0.67
SHP1	P34223	YPL222C-A	YPL222C-A	246 nt		10.83	□□□□□ -0.68
SHP1	P34223	PLB1	YMR008C	1995 nt		10.8	□□□□□ -0.68
SHP1	P34223	PAU15	YIR041W	375 nt		10.8	□□□□□ -0.68
SHP1	P34223	FUR4	YBR021W	1902 nt		10.78	□□□□□ -0.68
SHP1	P34223	YPI1	YFR003C	468 nt		10.78	□□□□□ -0.68
SHP1	P34223	GND1	YHR183W	1470 nt		10.78	□□□□□ -0.68
SHP1	P34223	LOT5	YKL183W	921 nt		10.77	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	ZTA1	YBR046C	1005 nt		10.77	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	RTN2	YDL204W	1182 nt		10.75	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	DIF1	YLR437C	402 nt		10.74	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	AAC1	YMR056C	930 nt		10.74	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	YEL008W	YEL008W	381 nt		10.72	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	GPN2	YOR262W	1044 nt		10.72	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	MTG2	YHR168W	1557 nt		10.71	□□□□□ -0.69
SHP1	P34223	YAR028W	YAR028W	705 nt		10.7	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	APT2	YDR441C	546 nt		10.69	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	ALP1	YNL270C	1722 nt		10.69	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	UTR1	YJR049C	1593 nt		10.66	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	SMM1	YNR015W	1155 nt		10.66	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	AKR2	YOR034C	2250 nt		10.65	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	CPD1	YGR247W	720 nt		10.65	□□□□□ -0.7
SHP1	P34223	FCY21	YER060W	1587 nt		10.65	□□□□□ -0.71
SHP1	P34223	ESS1	YJR017C	513 nt		10.64	□□□□□ -0.71
SHP1	P34223	RIB2	YOL066C	1776 nt		10.6	□□□□□ -0.71
SHP1	P34223	YKR005C	YKR005C	1578 nt		10.58	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	LSB3	YFR024C-A	1380 nt		10.57	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	YGR259C	YGR259C	441 nt		10.56	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	tS(GCU)L	tS(GCU)L	80 nt		10.55	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	UGA4	YDL210W	1716 nt		10.55	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	HXT12	YIL170W	1374 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	YER190C-A	YER190C-A	576 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	YGR296C-A	YGR296C-A	576 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	PRY1	YJL079C	900 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	YML133W-A	YML133W-A	576 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	YNL339W-A	YNL339W-A	576 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	YPL283W-A	YPL283W-A	576 nt		10.53	□□□□□ -0.72
SHP1	P34223	PRM5	YIL117C	957 nt		10.48	□□□□□ -0.73
SHP1	P34223	SED1	YDR077W	1017 nt		10.47	□□□□□ -0.73
SHP1	P34223	PGC1	YPL206C	966 nt		10.46	□□□□□ -0.73
SHP1	P34223	ALD4	YOR374W	1560 nt		10.46	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	VRG4	YGL225W	1014 nt		10.45	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	YJL055W	YJL055W	738 nt		10.45	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	SEN2	YLR105C	1134 nt		10.44	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	PUP1	YOR157C	786 nt		10.44	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	HSP60	YLR259C	1719 nt		10.44	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	PRP4	YPR178W	1398 nt		10.43	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	YPL251W	YPL251W	303 nt		10.42	□□□□□ -0.74
SHP1	P34223	DBP1	YPL119C	1854 nt		10.39	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	DPS1	YLL018C	1674 nt		10.39	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	YBR232C	YBR232C	360 nt		10.39	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	CCT5	YJR064W	1689 nt		10.38	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	PAU5	YFL020C	369 nt		10.38	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	SAM35	YHR083W	990 nt		10.38	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	LIP1	YMR298W	453 nt		10.38	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	YJL225C	YJL225C	5277 nt		10.36	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	YBL086C	YBL086C	1401 nt		10.36	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	CSM1	YCR086W	573 nt		10.36	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	NAP1	YKR048C	1254 nt		10.36	□□□□□ -0.75
SHP1	P34223	LEU9	YOR108W	1815 nt		10.33	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	UME6	YDR207C	2511 nt		10.32	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	STP3	YLR375W	1032 nt		10.31	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	YMR103C	YMR103C	363 nt		10.31	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	MEP3	YPR138C	1470 nt		10.3	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	BMT6	YLR063W	1098 nt		10.3	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	BRR1	YPR057W	1026 nt		10.3	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	GAL3	YDR009W	1563 nt		10.3	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	IRC24	YIR036C	792 nt		10.29	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	YJL064W	YJL064W	396 nt		10.29	□□□□□ -0.76
SHP1	P34223	SAM3	YPL274W	1764 nt		10.29	□□□□□ -0.76

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