Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 PMPCB-205ENST00000453466 1509 ntTSL 519.01■□□□□ 0.631e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.591e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 PMPCB-204ENST00000444457 2385 ntTSL 218.17■□□□□ 0.51e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.011e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-223ENST00000557384 883 ntTSL 515.08■□□□□ 01e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.131e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.151e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.211e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-210ENST00000554045 1754 ntTSL 512.66□□□□□ -0.381e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 PMPCB-203ENST00000443722 1323 ntTSL 512.35□□□□□ -0.431e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-212ENST00000556029 4242 ntTSL 1 (best) BASIC12.19□□□□□ -0.461e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-203ENST00000544450 3704 ntTSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.631e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-207ENST00000553875 837 ntTSL 210.79□□□□□ -0.681e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-216ENST00000555706 583 ntTSL 47.28□□□□□ -1.241e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-211ENST00000552831 743 ntTSL 27.23□□□□□ -1.251e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 PMPCB-207ENST00000469560 1615 ntTSL 26.76□□□□□ -1.331e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 EVL-222ENST00000557153 590 ntTSL 46.22□□□□□ -1.411e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 TMPO-213ENST00000556678 713 ntTSL 55.86□□□□□ -1.471e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 CSPP1-201ENST00000262210 4367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.621e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 CSPP1-203ENST00000519668 3715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.47□□□□□ -1.691e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 CSPP1-202ENST00000519163 3982 ntTSL 23.45□□□□□ -1.861e-8■■■■■ 32.5
CPSF6Q16630 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.021e-8■■■■■ 32.2
CPSF6Q16630 ANKRD10-207ENST00000475809 446 ntTSL 25.08□□□□□ -1.64e-8■■■■■ 32
CPSF6Q16630 DST-209ENST00000449297 2108 ntTSL 58.88□□□□□ -0.992e-8■■■■■ 31.2
CPSF6Q16630 PPIP5K2-202ENST00000358359 5813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.081e-7■■■■■ 30.6
CPSF6Q16630 PPIP5K2-217ENST00000627916 6010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.87□□□□□ -1.791e-7■■■■■ 30.6
CPSF6Q16630 PPIP5K2-201ENST00000321521 15407 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC3.81□□□□□ -1.81e-7■■■■■ 30.6
CPSF6Q16630 PPIP5K2-210ENST00000509597 2799 ntTSL 23.12□□□□□ -1.911e-7■■■■■ 30.6
CPSF6Q16630 PPIP5K2-203ENST00000414217 5842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.02□□□□□ -1.931e-7■■■■■ 30.6
CPSF6Q16630 EPC1-205ENST00000469059 591 ntTSL 515.12■□□□□ 0.015e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 EPC1-208ENST00000480402 907 ntTSL 214.91□□□□□ -0.025e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 EPC1-201ENST00000263062 2913 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.615e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 EPC1-202ENST00000319778 4057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.02□□□□□ -0.815e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 LINC01687-203ENST00000420255 897 ntTSL 1 (best) BASIC8□□□□□ -1.135e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 HEATR1-202ENST00000366581 6538 ntTSL 5 BASIC7.47□□□□□ -1.211e-6■■■■■ 30
CPSF6Q16630 EPC1-210ENST00000495790 7386 ntTSL 56.43□□□□□ -1.385e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 HEATR1-203ENST00000366582 8447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.99□□□□□ -1.451e-6■■■■■ 30
CPSF6Q16630 EPC1-203ENST00000375110 3909 ntTSL 1 (best) BASIC3.42□□□□□ -1.865e-8■■■■■ 30
CPSF6Q16630 CENPF-202ENST00000464322 689 ntTSL 212.87□□□□□ -0.353e-8■■■■■ 29.3
CPSF6Q16630 CENPF-205ENST00000495259 345 ntTSL 312.8□□□□□ -0.363e-8■■■■■ 29.3
CPSF6Q16630 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.371e-7■■■■■ 29.3
CPSF6Q16630 GRAP2-201ENST00000344138 3893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.681e-7■■■■■ 29.3
CPSF6Q16630 GRAP2-203ENST00000420971 568 ntTSL 26.8□□□□□ -1.321e-7■■■■■ 29.3
CPSF6Q16630 GRAP2-206ENST00000478445 583 ntTSL 45.94□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 29.3
CPSF6Q16630 CAPRIN1-205ENST00000528856 595 ntTSL 522.21■■□□□ 1.158e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-210ENST00000531668 479 ntTSL 316.15■□□□□ 0.188e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.178e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-212ENST00000532820 3438 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.38e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-202ENST00000389645 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.58e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-201ENST00000341394 4108 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.758e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-215ENST00000533657 2774 ntTSL 29.78□□□□□ -0.848e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 CAPRIN1-209ENST00000530820 3454 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.24□□□□□ -1.098e-17■■■■■ 29
CPSF6Q16630 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.171e-12■■■■■ 28.9
CPSF6Q16630 PELP1-214ENST00000575329 3280 ntTSL 215.06■□□□□ 01e-12■■■■■ 28.9
CPSF6Q16630 PELP1-212ENST00000574876 3465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.151e-12■■■■■ 28.9
CPSF6Q16630 PELP1-202ENST00000436683 3524 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.211e-12■■■■■ 28.9
CPSF6Q16630 PELP1-211ENST00000573523 3878 ntTSL 213.67□□□□□ -0.221e-12■■■■■ 28.9
CPSF6Q16630 PELP1-201ENST00000301396 3673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.261e-12■■■■■ 28.9
CPSF6Q16630 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.581e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-219ENST00000480988 1857 ntTSL 224.32■■□□□ 1.481e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.951e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-202ENST00000315808 2226 ntTSL 1 (best)19.13■□□□□ 0.651e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.481e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.361e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.271e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-208ENST00000395383 3229 ntTSL 515.11■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.031e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 A1BG-AS1-207ENST00000600686 1056 ntTSL 514.41□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.121e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-204ENST00000361846 4348 ntTSL 1 (best)14□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 CCDC88A-201ENST00000263630 9667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.21e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-222ENST00000490715 4483 ntTSL 1 (best)13.62□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 CCDC88A-204ENST00000413716 9586 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.31e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 GTF2F2-201ENST00000340473 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 A1BG-AS1-203ENST00000594950 1718 ntTSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.381e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 A1BG-AS1-205ENST00000599728 559 ntTSL 512.62□□□□□ -0.391e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-204ENST00000361997 3237 ntTSL 512.19□□□□□ -0.461e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 A1BG-AS1-202ENST00000593960 977 ntTSL 512.1□□□□□ -0.471e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 CCDC88A-207ENST00000436346 9811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.481e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 A1BG-AS1-201ENST00000593374 959 ntTSL 211.92□□□□□ -0.51e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 A1BG-AS1-206ENST00000600379 712 ntTSL 511.25□□□□□ -0.611e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-203ENST00000360743 4206 ntTSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.721e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-206ENST00000395376 2236 ntTSL 5 BASIC10.27□□□□□ -0.771e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 CCDC88A-202ENST00000336838 9505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.781e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 GTF2F2-203ENST00000494087 1352 ntTSL 39.96□□□□□ -0.821e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-224ENST00000495109 591 ntTSL 58.72□□□□□ -1.011e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-217ENST00000477682 300 ntTSL 38.18□□□□□ -1.11e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 ST7L-227ENST00000498197 472 ntTSL 37.96□□□□□ -1.141e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 CCDC88A-210ENST00000468534 536 ntTSL 37.86□□□□□ -1.151e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 AC012360.3-201ENST00000610036 3449 ntBASIC7.71□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-215ENST00000486199 1633 ntTSL 25.95□□□□□ -1.461e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-217ENST00000521038 427 ntTSL 55.42□□□□□ -1.541e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-210ENST00000395390 5900 ntTSL 5 BASIC3.94□□□□□ -1.781e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 PHF20L1-205ENST00000395374 2761 ntTSL 23.8□□□□□ -1.81e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 CCDC88A-205ENST00000426576 4500 ntTSL 1 (best)2.34□□□□□ -2.041e-7■■■■■ 28.7
CPSF6Q16630 KLHDC10-202ENST00000463413 503 ntTSL 224■■□□□ 1.434e-7■■■■■ 28.5
CPSF6Q16630 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.524e-7■■■■■ 28.5
CPSF6Q16630 KLHDC10-203ENST00000468226 772 ntTSL 36.81□□□□□ -1.324e-7■■■■■ 28.5
CPSF6Q16630 HNRNPDL-203ENST00000502762 2356 ntTSL 1 (best)20.19■□□□□ 0.822e-6■■■■■ 28.3
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