Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRIM39Q9HCM9 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM39Q9HCM9 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM39Q9HCM9 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms