Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
UBE3DQ7Z6J8 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
UBE3DQ7Z6J8 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.6 ms