Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM56Q9BRZ2 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM56Q9BRZ2 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM56Q9BRZ2 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM56Q9BRZ2 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM56Q9BRZ2 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms